![[Experimental]](figures/lifecycle-experimental.svg)
A function that returns a prob() function that computes the toxicity
probabilities for a given dose level, based on the model specific parameters.
Usage
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'GeneralModel'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'ModelTox'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'LogisticLogNormalOrdinal'
probFunction(model, grade, ...)Value
A prob() function that computes toxicity probabilities.
Functions
probFunction(GeneralModel):probFunction(ModelTox):probFunction(LogisticLogNormalOrdinal):
Examples
my_model <- LogisticLogNormal(
mean = c(-0.85, 1),
cov = matrix(c(1, -0.5, -0.5, 1), nrow = 2),
ref_dose = 50
)
prob_fun <- probFunction(my_model, alpha0 = 2, alpha1 = 3)
prob_fun(30)
#> [1] 0.6147973
ordinal_data <- .DefaultDataOrdinal()
ordinal_model <- .DefaultLogisticLogNormalOrdinal()
opts <- .DefaultMcmcOptions()
samples <- mcmc(ordinal_data, ordinal_model, opts)
probFunction(
ordinal_model,
grade = 2L,
alpha2 = samples@data$alpha1,
beta = samples@data$beta
)(50)
#> [1] 0.173798816 0.226913320 0.207719342 0.300579723 0.282393475 0.275489318
#> [7] 0.184680050 0.123152237 0.163314741 0.133413546 0.152596285 0.143132878
#> [13] 0.317605190 0.353732682 0.167791819 0.167062931 0.034918034 0.302840653
#> [19] 0.422849734 0.132882796 0.080963193 0.091677781 0.277836178 0.296783306
#> [25] 0.270570375 0.143864838 0.209774191 0.175337898 0.334742817 0.322700229
#> [31] 0.075329849 0.235031868 0.480770437 0.197518567 0.268832491 0.210894052
#> [37] 0.211371866 0.057307773 0.063955080 0.301987321 0.372437089 0.389730794
#> [43] 0.089025938 0.605192412 0.122674056 0.172966286 0.095748478 0.114419693
#> [49] 0.392581149 0.058703274 0.111058209 0.472582781 0.416448795 0.271779733
#> [55] 0.321755145 0.552373476 0.089213098 0.049755817 0.030540624 0.201204343
#> [61] 0.402523352 0.131850024 0.333743976 0.330551248 0.148759019 0.207102285
#> [67] 0.050128167 0.571163770 0.058746424 0.144882403 0.127404715 0.205634887
#> [73] 0.539980516 0.064105493 0.054272998 0.065157785 0.067435914 0.228371973
#> [79] 0.061543845 0.048938454 0.238307019 0.300496270 0.170325261 0.203052488
#> [85] 0.279399090 0.157658481 0.119734234 0.052062762 0.205953720 0.077737454
#> [91] 0.059560089 0.034940432 0.132001751 0.283968220 0.315022912 0.143245786
#> [97] 0.398007279 0.126636031 0.187674891 0.234716053 0.114858826 0.125059113
#> [103] 0.327741589 0.510137732 0.401546711 0.364100760 0.138269178 0.185837799
#> [109] 0.280833748 0.119385327 0.140417715 0.300859307 0.237987288 0.305224523
#> [115] 0.313809237 0.468195943 0.214322729 0.210686848 0.438855807 0.230162802
#> [121] 0.448156142 0.249119073 0.194969499 0.193132254 0.276666015 0.184830095
#> [127] 0.296994416 0.114572556 0.137077700 0.181741675 0.226169428 0.474599621
#> [133] 0.375292431 0.233723776 0.241907839 0.469347354 0.200393739 0.307674717
#> [139] 0.159477973 0.095870814 0.427517628 0.251827330 0.520011846 0.114265061
#> [145] 0.071042670 0.307832886 0.142259537 0.100330463 0.137495101 0.102071187
#> [151] 0.316912013 0.181659008 0.277397166 0.282547611 0.118696581 0.041038397
#> [157] 0.410472707 0.307414926 0.274798176 0.245424574 0.408721251 0.132011240
#> [163] 0.099201994 0.147558519 0.446075048 0.161819731 0.268334875 0.171176520
#> [169] 0.271690845 0.280645750 0.109488078 0.062531943 0.032726468 0.117569790
#> [175] 0.033288502 0.059141448 0.034227756 0.091410162 0.350980165 0.240299006
#> [181] 0.093992139 0.107798877 0.236461638 0.100004005 0.130086806 0.170556928
#> [187] 0.267453423 0.409762876 0.324428185 0.131012951 0.282483137 0.216534803
#> [193] 0.328371002 0.133919491 0.453464717 0.406840064 0.301388935 0.147791423
#> [199] 0.040808007 0.350649193 0.350286617 0.025155277 0.026382387 0.299149272
#> [205] 0.229527549 0.473744705 0.176050589 0.221992033 0.138870509 0.193992681
#> [211] 0.349456532 0.260934660 0.147699232 0.167185817 0.356608685 0.542541133
#> [217] 0.309282969 0.527533955 0.088279326 0.259979297 0.201422453 0.202882513
#> [223] 0.276464669 0.483070719 0.188674315 0.281682320 0.338153475 0.151410490
#> [229] 0.121236420 0.232294970 0.197283358 0.157378193 0.216162270 0.309299933
#> [235] 0.071698146 0.203567355 0.364383168 0.302350474 0.499936610 0.204869965
#> [241] 0.280581370 0.373785368 0.249263816 0.234714108 0.158863834 0.509796438
#> [247] 0.744350196 0.103802447 0.504032228 0.315335775 0.143680170 0.039957298
#> [253] 0.323416777 0.404514896 0.018029632 0.037519023 0.163130481 0.112757061
#> [259] 0.076259050 0.228002009 0.047267294 0.049195630 0.193195642 0.513222962
#> [265] 0.402865927 0.290219265 0.133951707 0.198359938 0.498475698 0.189960428
#> [271] 0.264929637 0.267868119 0.290311588 0.255011356 0.326857227 0.228566706
#> [277] 0.380185859 0.209641410 0.136534954 0.229853369 0.307043364 0.530103446
#> [283] 0.061286464 0.443832618 0.216342341 0.134643999 0.331791928 0.270615149
#> [289] 0.635882419 0.509992234 0.481937464 0.555195705 0.173348052 0.211703285
#> [295] 0.112036087 0.376627148 0.302159822 0.352837151 0.293230065 0.247204748
#> [301] 0.205129690 0.183567225 0.283605421 0.325421389 0.458902820 0.368716551
#> [307] 0.174904305 0.292305271 0.396120318 0.106423667 0.048339251 0.144193848
#> [313] 0.080400624 0.090290853 0.171079634 0.299384348 0.463057213 0.102361211
#> [319] 0.573861510 0.103320741 0.232320474 0.198217663 0.257694883 0.452324831
#> [325] 0.433808950 0.464555984 0.344890417 0.398911491 0.250242736 0.246017339
#> [331] 0.615994515 0.226378381 0.229594394 0.164771492 0.141103540 0.371413381
#> [337] 0.728449343 0.454748755 0.313500177 0.120193332 0.088840184 0.269556986
#> [343] 0.170857367 0.358350936 0.298536425 0.451656798 0.188461101 0.313734451
#> [349] 0.129530013 0.537273636 0.134685228 0.333423074 0.454256367 0.266623329
#> [355] 0.137063970 0.155650066 0.097668796 0.065696320 0.320450503 0.122749225
#> [361] 0.589628252 0.622682913 0.051175222 0.271959451 0.474900150 0.155249196
#> [367] 0.124465374 0.110506980 0.100774141 0.145294425 0.286679366 0.284737261
#> [373] 0.099705190 0.161071558 0.058697728 0.375867572 0.210823676 0.212028055
#> [379] 0.273468562 0.307339893 0.354083023 0.212408689 0.324755314 0.179896863
#> [385] 0.176670975 0.115684302 0.158454581 0.302127822 0.264155619 0.241688336
#> [391] 0.481422585 0.397304060 0.482840585 0.177828383 0.112879209 0.137760505
#> [397] 0.089242554 0.265197381 0.109632573 0.148300791 0.143808998 0.161777796
#> [403] 0.328152245 0.602759005 0.320360131 0.235258782 0.077584332 0.080233912
#> [409] 0.048276951 0.091147831 0.163125813 0.064401493 0.357955743 0.261811428
#> [415] 0.405773090 0.421876481 0.341079410 0.396771705 0.183141070 0.099049753
#> [421] 0.198907403 0.266263295 0.349223794 0.279254319 0.338901990 0.160724888
#> [427] 0.352101296 0.340540561 0.076201453 0.079423035 0.205399544 0.105856753
#> [433] 0.492695270 0.418800172 0.277597184 0.300492400 0.280580480 0.193697244
#> [439] 0.223023358 0.501220152 0.096638804 0.201072419 0.199659652 0.161144113
#> [445] 0.122763099 0.070108569 0.219663580 0.149009135 0.180852614 0.253397834
#> [451] 0.148291718 0.147960491 0.413130919 0.331619719 0.246667730 0.113851893
#> [457] 0.197762500 0.130729274 0.171761536 0.383214779 0.422544313 0.288396166
#> [463] 0.055274376 0.147510284 0.318317320 0.378118737 0.320827367 0.116060665
#> [469] 0.324719179 0.281299161 0.413800449 0.207264952 0.314314060 0.092430285
#> [475] 0.083586913 0.216138178 0.199579588 0.465112158 0.364418228 0.181488343
#> [481] 0.056594923 0.104753548 0.298973512 0.389297809 0.104896685 0.120045218
#> [487] 0.127654815 0.718816656 0.430576968 0.094753831 0.090253809 0.114899563
#> [493] 0.309411657 0.291806485 0.227502139 0.147701091 0.281636612 0.142681583
#> [499] 0.416205382 0.389199940 0.039997687 0.422397359 0.251537542 0.190781389
#> [505] 0.352099441 0.153736995 0.111840143 0.330014580 0.243613344 0.272385903
#> [511] 0.132626037 0.075829584 0.018044169 0.036559929 0.204786393 0.525931896
#> [517] 0.118678284 0.535614066 0.139730639 0.162262620 0.181724095 0.059009071
#> [523] 0.135388547 0.337945037 0.066493851 0.039028483 0.034664816 0.056852181
#> [529] 0.117397687 0.490107107 0.095852460 0.383970598 0.127976002 0.123187871
#> [535] 0.269264015 0.196241934 0.323316557 0.156869316 0.196231926 0.333996139
#> [541] 0.113572496 0.221050836 0.305581878 0.088966833 0.161085449 0.070082409
#> [547] 0.268731262 0.060863138 0.078589526 0.061785010 0.265444940 0.345645201
#> [553] 0.473256897 0.062017107 0.084213896 0.464936012 0.263478020 0.375605671
#> [559] 0.130779997 0.161856745 0.098598278 0.038952272 0.029619042 0.092463381
#> [565] 0.350668564 0.126165689 0.233696195 0.195098396 0.146351510 0.207859765
#> [571] 0.236927556 0.438273471 0.321038431 0.148440140 0.072991474 0.056080264
#> [577] 0.072736208 0.217206791 0.470978888 0.266665208 0.202186259 0.146214500
#> [583] 0.390479706 0.104586818 0.056656538 0.330299390 0.265266346 0.326283492
#> [589] 0.360469865 0.268042168 0.230863773 0.276953997 0.457312424 0.488101899
#> [595] 0.163544752 0.298326247 0.378152401 0.196944742 0.226667346 0.149680448
#> [601] 0.198483513 0.329058590 0.142476668 0.176511145 0.134981059 0.319223917
#> [607] 0.117823339 0.121268976 0.095503892 0.136293109 0.353455225 0.577554653
#> [613] 0.433950884 0.340367734 0.480450609 0.036961441 0.046939992 0.190519282
#> [619] 0.187043054 0.524082128 0.299270430 0.148809499 0.208730532 0.356999119
#> [625] 0.144427970 0.265187054 0.164251815 0.236732082 0.368043118 0.210324311
#> [631] 0.385462028 0.268338875 0.335829144 0.363976985 0.275196472 0.313984630
#> [637] 0.095937523 0.280010794 0.298559911 0.568345982 0.441305540 0.432087261
#> [643] 0.154854485 0.215733767 0.147758100 0.466664790 0.110318772 0.080160001
#> [649] 0.052822745 0.593908675 0.359693871 0.211295299 0.453515445 0.327964509
#> [655] 0.102587889 0.422330339 0.387486141 0.340270689 0.402546634 0.303825999
#> [661] 0.402499800 0.276859601 0.293478710 0.314995958 0.328522957 0.097835239
#> [667] 0.147937528 0.290904670 0.328330968 0.154346136 0.393627905 0.103943846
#> [673] 0.279707058 0.262211524 0.158353769 0.055377746 0.240448710 0.275819639
#> [679] 0.299047999 0.192859821 0.195949014 0.198246472 0.335026448 0.394125341
#> [685] 0.269148339 0.209414911 0.103145623 0.253334287 0.543858520 0.331152382
#> [691] 0.134802593 0.141428811 0.114633279 0.190462881 0.147927497 0.179183980
#> [697] 0.150872790 0.227916929 0.324004668 0.357957891 0.087993865 0.038728585
#> [703] 0.178414710 0.063935452 0.090096620 0.119225458 0.115766135 0.258244395
#> [709] 0.178700444 0.015573629 0.044304210 0.026219172 0.108333870 0.208659668
#> [715] 0.211000083 0.095784133 0.057573430 0.041812945 0.081411079 0.501276413
#> [721] 0.418058103 0.238736334 0.150603210 0.422456027 0.668945092 0.597561847
#> [727] 0.243838282 0.514457474 0.458573536 0.274894300 0.339133111 0.325685931
#> [733] 0.187257192 0.401274431 0.089605447 0.073468587 0.445979200 0.147607219
#> [739] 0.530546638 0.477934435 0.099384331 0.150061178 0.223954323 0.355957646
#> [745] 0.120062374 0.302288621 0.408801830 0.366225226 0.412392071 0.243444165
#> [751] 0.263389755 0.307238569 0.213684627 0.350979201 0.165623873 0.476623360
#> [757] 0.366571789 0.045571084 0.084236322 0.133399799 0.240147188 0.397700546
#> [763] 0.437357263 0.415842388 0.679124801 0.592015859 0.223595310 0.180977292
#> [769] 0.375514134 0.176258672 0.093976605 0.468890295 0.235420145 0.337434519
#> [775] 0.278495505 0.374054672 0.206806515 0.229433936 0.118924206 0.342461029
#> [781] 0.180684933 0.536351662 0.312786264 0.157588303 0.107986012 0.379208539
#> [787] 0.618808332 0.491864788 0.126113758 0.342721602 0.415492156 0.233523434
#> [793] 0.062492666 0.370374577 0.280946416 0.194141744 0.212180194 0.334444148
#> [799] 0.032689270 0.043244680 0.043872624 0.383544926 0.349979272 0.372659241
#> [805] 0.367371902 0.361001580 0.101898766 0.225204410 0.141624118 0.026080204
#> [811] 0.009839967 0.294065093 0.126751742 0.103040145 0.136133762 0.217752922
#> [817] 0.216028948 0.206196324 0.309709232 0.378510990 0.249789597 0.301574575
#> [823] 0.214217985 0.132810180 0.123139189 0.134212931 0.516115369 0.330004094
#> [829] 0.173826354 0.219382877 0.190005397 0.108380645 0.111421248 0.394851401
#> [835] 0.462960602 0.152359915 0.338327085 0.212802968 0.072132420 0.069670727
#> [841] 0.057945519 0.212408429 0.192529897 0.164687226 0.158091391 0.165594445
#> [847] 0.438329800 0.180318266 0.278807336 0.145302830 0.084387405 0.104436077
#> [853] 0.080042346 0.181824325 0.226032106 0.267513319 0.345360541 0.335003689
#> [859] 0.345953571 0.385195043 0.303911185 0.304854836 0.055465222 0.388638545
#> [865] 0.226379185 0.013390020 0.018274376 0.027400708 0.429117647 0.136120929
#> [871] 0.151423146 0.084607738 0.058553757 0.138663925 0.052841289 0.114302290
#> [877] 0.055763467 0.246226524 0.152742692 0.212430527 0.287267605 0.182650756
#> [883] 0.225923635 0.276996718 0.370508757 0.316308009 0.073434054 0.048977722
#> [889] 0.335293942 0.150908385 0.018661871 0.039418809 0.109507231 0.307060371
#> [895] 0.298148937 0.139246516 0.051510043 0.066232440 0.030948106 0.105408487
#> [901] 0.044377365 0.171027003 0.338993841 0.164380053 0.064864921 0.508935165
#> [907] 0.475287560 0.389505970 0.114762633 0.148248639 0.101800412 0.298556662
#> [913] 0.375825397 0.069241848 0.211717507 0.527005939 0.316849610 0.055225698
#> [919] 0.230416902 0.228273738 0.151268758 0.187977433 0.046411817 0.076591299
#> [925] 0.190809414 0.310361147 0.296085507 0.289875391 0.361261055 0.429375563
#> [931] 0.327893518 0.282407182 0.188731057 0.070590697 0.063530293 0.064540294
#> [937] 0.045057013 0.041895455 0.096988600 0.057229827 0.056901223 0.245139123
#> [943] 0.193679282 0.355430183 0.124066294 0.404428260 0.271991728 0.294317818
#> [949] 0.304827120 0.392022773 0.265055951 0.401235058 0.277128240 0.384507946
#> [955] 0.154306667 0.285882403 0.581161971 0.501535628 0.310161707 0.035644535
#> [961] 0.153259026 0.217326941 0.419457575 0.104579716 0.086832699 0.179208338
#> [967] 0.097957302 0.212389509 0.116803811 0.146927902 0.084275479 0.210994477
#> [973] 0.184152441 0.192113128 0.125180969 0.468365606 0.139612200 0.569023757
#> [979] 0.303703033 0.307687118 0.089358787 0.468839856 0.529118331 0.088650859
#> [985] 0.673892652 0.127853212 0.316838317 0.418651736 0.360637993 0.198517604
#> [991] 0.615368106 0.095288993 0.377563588 0.248927155 0.169950216 0.069890288
#> [997] 0.259183742 0.203827256 0.223509828 0.222267968