![[Experimental]](figures/lifecycle-experimental.svg)
A function that returns a prob() function that computes the toxicity
probabilities for a given dose level, based on the model specific parameters.
Usage
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'GeneralModel'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'ModelTox'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'LogisticLogNormalOrdinal'
probFunction(model, grade, ...)Value
A prob() function that computes toxicity probabilities.
Functions
probFunction(GeneralModel):probFunction(ModelTox):probFunction(LogisticLogNormalOrdinal):
Examples
my_model <- LogisticLogNormal(
mean = c(-0.85, 1),
cov = matrix(c(1, -0.5, -0.5, 1), nrow = 2),
ref_dose = 50
)
prob_fun <- probFunction(my_model, alpha0 = 2, alpha1 = 3)
prob_fun(30)
#> [1] 0.6147973
ordinal_data <- .DefaultDataOrdinal()
ordinal_model <- .DefaultLogisticLogNormalOrdinal()
opts <- .DefaultMcmcOptions()
samples <- mcmc(ordinal_data, ordinal_model, opts)
probFunction(
ordinal_model,
grade = 2L,
alpha2 = samples@data$alpha1,
beta = samples@data$beta
)(50)
#> [1] 0.465124743 0.107453913 0.245722912 0.165908897 0.083754333 0.099769320
#> [7] 0.445998641 0.331899982 0.048548675 0.214378782 0.267503696 0.174079878
#> [13] 0.332815754 0.217567921 0.250441721 0.041585209 0.177324727 0.438785709
#> [19] 0.245567151 0.060321395 0.066812997 0.051147112 0.203250764 0.073190911
#> [25] 0.314017641 0.289094516 0.293641145 0.226165416 0.428813225 0.266611670
#> [31] 0.566394822 0.107354580 0.120009968 0.159202840 0.085589212 0.442993434
#> [37] 0.228579817 0.273340792 0.146689120 0.040257122 0.195019726 0.215683330
#> [43] 0.408602042 0.413289943 0.124807278 0.302560951 0.166437418 0.088550384
#> [49] 0.064348545 0.316289432 0.255587308 0.283065977 0.172814675 0.276415891
#> [55] 0.331000441 0.062027942 0.038491298 0.013442715 0.361697529 0.284232348
#> [61] 0.418551433 0.592027689 0.380025961 0.085778907 0.388039335 0.348330996
#> [67] 0.514497803 0.240717519 0.138230357 0.196587779 0.054440715 0.023482242
#> [73] 0.017776990 0.239901708 0.052540737 0.241503940 0.162954057 0.184598288
#> [79] 0.145456184 0.100133831 0.131979529 0.129442461 0.165058878 0.467963556
#> [85] 0.415228483 0.300735039 0.112297432 0.286843329 0.212595480 0.343551348
#> [91] 0.181943024 0.152455330 0.113435764 0.208664214 0.335546011 0.346212648
#> [97] 0.227557207 0.117472680 0.381190165 0.289338234 0.109047478 0.114490676
#> [103] 0.304342795 0.143724049 0.272227313 0.233026831 0.378091955 0.046578714
#> [109] 0.322700469 0.286111486 0.054786196 0.029641807 0.296790018 0.297317949
#> [115] 0.214132549 0.250948804 0.465235053 0.218644163 0.151680476 0.349717219
#> [121] 0.232982139 0.420304955 0.074017659 0.300624126 0.298899228 0.348319636
#> [127] 0.173445701 0.447107072 0.277179450 0.050210829 0.500816861 0.100655847
#> [133] 0.170514937 0.094106696 0.112362192 0.112012007 0.395222324 0.450991278
#> [139] 0.245502280 0.244202953 0.048112211 0.610913014 0.288802520 0.185621930
#> [145] 0.100493820 0.109489942 0.213266426 0.245054758 0.433777504 0.545261074
#> [151] 0.359585924 0.082193426 0.108293380 0.122967393 0.198458851 0.304207124
#> [157] 0.148142797 0.160414749 0.321790595 0.086029949 0.085384798 0.024465218
#> [163] 0.126421945 0.084433147 0.367532275 0.329466008 0.126681587 0.141582351
#> [169] 0.016633224 0.026803474 0.064136311 0.051166952 0.210394069 0.432052655
#> [175] 0.219940559 0.281005849 0.279851137 0.524214179 0.371813606 0.197543490
#> [181] 0.444289962 0.180815363 0.090272012 0.087439671 0.409335419 0.313531074
#> [187] 0.496808980 0.109143347 0.191864464 0.128084274 0.141792864 0.219208664
#> [193] 0.166722257 0.165880981 0.135636854 0.201664852 0.208928898 0.136724939
#> [199] 0.227404352 0.122474371 0.204488781 0.167585742 0.051842523 0.043185660
#> [205] 0.158545703 0.243846054 0.330233753 0.173626449 0.147874449 0.155320787
#> [211] 0.029842934 0.064378407 0.088996185 0.352122177 0.374206928 0.134868495
#> [217] 0.386348002 0.118829175 0.181864009 0.130867503 0.176380491 0.104407855
#> [223] 0.232995371 0.233803101 0.197552729 0.153875266 0.281884008 0.066787175
#> [229] 0.407649878 0.122708814 0.121573750 0.284152252 0.148284366 0.093944035
#> [235] 0.149097803 0.202191859 0.238740363 0.114050887 0.491408804 0.397345499
#> [241] 0.044582139 0.239931160 0.193328277 0.025299898 0.011167264 0.008629407
#> [247] 0.058288973 0.164722975 0.070993522 0.411863741 0.160815781 0.040294885
#> [253] 0.052945651 0.259806915 0.250971694 0.107421195 0.019355151 0.142500101
#> [259] 0.056203828 0.086736696 0.117640848 0.240415974 0.373901859 0.208521159
#> [265] 0.392223692 0.104936224 0.315775588 0.168317939 0.274047577 0.308084691
#> [271] 0.182485608 0.146936501 0.119113768 0.225086550 0.187887032 0.289258902
#> [277] 0.395998943 0.303031184 0.202015110 0.231804674 0.310737523 0.210222595
#> [283] 0.113923426 0.339072635 0.182995174 0.454774564 0.191805626 0.656197005
#> [289] 0.196438713 0.010864535 0.006775715 0.047174827 0.228306912 0.477688223
#> [295] 0.205739329 0.164937456 0.364484711 0.167953796 0.358371847 0.460179306
#> [301] 0.199582308 0.188049485 0.167759150 0.619065674 0.062036238 0.523307560
#> [307] 0.353943693 0.468001373 0.257039667 0.357130822 0.096826149 0.095177108
#> [313] 0.380744848 0.271568672 0.176430573 0.341466669 0.162280919 0.111316092
#> [319] 0.174754629 0.369934923 0.311979829 0.557617990 0.218288921 0.242708343
#> [325] 0.127114276 0.176638381 0.144030360 0.368566629 0.241258991 0.249763440
#> [331] 0.269730329 0.071285945 0.077544218 0.494383335 0.243498969 0.309285678
#> [337] 0.089920941 0.258735399 0.115212958 0.216846353 0.299421021 0.097459356
#> [343] 0.193136733 0.236911471 0.301319196 0.587802017 0.178389580 0.103594489
#> [349] 0.609402701 0.489134360 0.170645105 0.224653068 0.018497742 0.114101289
#> [355] 0.461692097 0.256566945 0.151431400 0.129871248 0.132645544 0.102419887
#> [361] 0.167685110 0.113064583 0.237845237 0.439650878 0.143062939 0.147380676
#> [367] 0.111385885 0.241246790 0.168433884 0.117150045 0.214529071 0.027265455
#> [373] 0.079593398 0.068205883 0.221700566 0.253041050 0.440574424 0.179556501
#> [379] 0.346478972 0.093236426 0.293907217 0.095059944 0.418063573 0.385322299
#> [385] 0.402406626 0.250085597 0.101893702 0.277574177 0.511589315 0.531735244
#> [391] 0.223847587 0.091981303 0.505246398 0.233867988 0.653349075 0.296584487
#> [397] 0.307520452 0.192595823 0.293707160 0.311725081 0.294206634 0.271074964
#> [403] 0.230564585 0.326840248 0.353749887 0.288598604 0.445393793 0.077456491
#> [409] 0.120037713 0.274190506 0.406875783 0.318841461 0.249823303 0.327343653
#> [415] 0.239522639 0.090654911 0.149578802 0.165434914 0.031310540 0.139497327
#> [421] 0.226364936 0.335907846 0.387395455 0.309362661 0.251516336 0.218916552
#> [427] 0.096752580 0.291534011 0.174147557 0.383467567 0.350108823 0.210305144
#> [433] 0.216840565 0.378906968 0.295507588 0.287541648 0.478439958 0.744645967
#> [439] 0.288182405 0.211930330 0.114314435 0.310356249 0.397887027 0.463127903
#> [445] 0.107739903 0.341382036 0.297079321 0.221477441 0.352027935 0.069989118
#> [451] 0.012004168 0.456709726 0.349213542 0.226003706 0.197147562 0.316484829
#> [457] 0.445102807 0.354544179 0.196281089 0.227382517 0.065701877 0.108647094
#> [463] 0.550460211 0.068347144 0.157342768 0.298480286 0.170558342 0.122019026
#> [469] 0.295008233 0.507735027 0.205996846 0.173705344 0.295247375 0.248627378
#> [475] 0.425963268 0.169622761 0.057507670 0.035327193 0.055260418 0.312416571
#> [481] 0.040188091 0.296015272 0.113978784 0.140165541 0.462508389 0.433072652
#> [487] 0.179053157 0.377647190 0.512652297 0.118680358 0.416483853 0.215897564
#> [493] 0.212413922 0.061312032 0.421559279 0.494632387 0.130931673 0.410046040
#> [499] 0.146813302 0.358871106 0.362438841 0.237441746 0.209387567 0.417633172
#> [505] 0.356035290 0.340188887 0.512377689 0.505961578 0.211650354 0.179366748
#> [511] 0.318293472 0.081509926 0.366161813 0.404241345 0.302036606 0.514844809
#> [517] 0.282891261 0.273944629 0.154436006 0.102697524 0.112271905 0.287028564
#> [523] 0.242727055 0.059529955 0.457255764 0.098019088 0.160774438 0.153732945
#> [529] 0.142112684 0.391871373 0.442201681 0.664353246 0.318119768 0.166358387
#> [535] 0.206333825 0.228299462 0.399016401 0.273725748 0.354717473 0.067173928
#> [541] 0.090556646 0.219420992 0.326078401 0.075823628 0.084626728 0.293571184
#> [547] 0.304050296 0.122170752 0.407932197 0.432789738 0.088961994 0.256600810
#> [553] 0.129097778 0.190783633 0.341273236 0.268929506 0.297852004 0.076949132
#> [559] 0.219243916 0.059942030 0.124846393 0.135086371 0.316863388 0.094584960
#> [565] 0.038157137 0.126893864 0.178779709 0.231158986 0.091037915 0.417792113
#> [571] 0.430254159 0.482658402 0.468221416 0.248027906 0.044276037 0.059400221
#> [577] 0.267393221 0.164724362 0.215347252 0.064238478 0.058226420 0.207199346
#> [583] 0.328381309 0.152685005 0.536602774 0.184274999 0.289640031 0.295031472
#> [589] 0.247931577 0.052291894 0.243995441 0.365848497 0.162495262 0.122752527
#> [595] 0.172806697 0.323313572 0.278976097 0.183677214 0.068552262 0.370873480
#> [601] 0.052907134 0.088431301 0.192108448 0.500522648 0.438928675 0.230879288
#> [607] 0.240507602 0.480169350 0.434056521 0.150201560 0.318798507 0.333568169
#> [613] 0.215957262 0.194701908 0.055576433 0.106418505 0.256290745 0.123551289
#> [619] 0.149138918 0.356268483 0.584036258 0.176801853 0.168541313 0.217166711
#> [625] 0.274560416 0.349282550 0.160369980 0.155872712 0.327536076 0.247457573
#> [631] 0.434256467 0.242134104 0.101078471 0.199594343 0.296722957 0.391073942
#> [637] 0.167061849 0.078873349 0.041257306 0.132462120 0.158972380 0.202791020
#> [643] 0.106810067 0.061216476 0.222197877 0.287687378 0.287703586 0.204555854
#> [649] 0.083549148 0.068908801 0.113468917 0.286197118 0.148992488 0.143872533
#> [655] 0.135705120 0.017165241 0.105548969 0.219225633 0.111633011 0.184416553
#> [661] 0.032054485 0.221826219 0.122403258 0.218872410 0.117277958 0.098771664
#> [667] 0.225067737 0.226515699 0.130005938 0.119619324 0.113629069 0.640953068
#> [673] 0.515182672 0.039198683 0.404751210 0.405458894 0.138948455 0.106533109
#> [679] 0.155167386 0.113896964 0.047394585 0.551310780 0.181722490 0.373766386
#> [685] 0.173013873 0.179745277 0.122567562 0.158346318 0.091135683 0.462248653
#> [691] 0.331247953 0.124200021 0.210016442 0.521421607 0.175661212 0.198122937
#> [697] 0.077237726 0.050361862 0.322191764 0.061565620 0.075185196 0.350368802
#> [703] 0.203066794 0.470973891 0.141841949 0.305700745 0.194348890 0.326222636
#> [709] 0.079809707 0.022713870 0.070574006 0.249509453 0.531137633 0.237284207
#> [715] 0.242514223 0.065131815 0.069703127 0.203095465 0.415680496 0.202899795
#> [721] 0.194956212 0.585856591 0.343608517 0.376345521 0.173810952 0.053079040
#> [727] 0.492375830 0.222370946 0.280101211 0.142256542 0.039800951 0.213512707
#> [733] 0.401013857 0.200207229 0.160769251 0.267415008 0.064680711 0.107197216
#> [739] 0.057795726 0.046799723 0.055530468 0.024365050 0.033111233 0.203944580
#> [745] 0.284570257 0.106555158 0.230683728 0.271594349 0.279655206 0.231727844
#> [751] 0.255484591 0.201743879 0.114499371 0.175567801 0.292534481 0.394925407
#> [757] 0.113451291 0.247665139 0.215340392 0.364754368 0.201455749 0.430271603
#> [763] 0.095357024 0.193602991 0.168390328 0.196427622 0.188035619 0.379148360
#> [769] 0.319995120 0.058131205 0.125900073 0.222474664 0.289975470 0.271553905
#> [775] 0.052939156 0.303977735 0.109456718 0.099844010 0.185992893 0.080599669
#> [781] 0.108386600 0.291973932 0.432041057 0.177814929 0.072999535 0.096382333
#> [787] 0.667946677 0.068849618 0.056504511 0.293154217 0.261701247 0.179058911
#> [793] 0.032318327 0.172216446 0.074005548 0.054047004 0.281615474 0.145864722
#> [799] 0.211442397 0.200729035 0.027286836 0.028054527 0.031294575 0.212570989
#> [805] 0.199907664 0.090206830 0.320109064 0.245828162 0.361089845 0.180165759
#> [811] 0.037508760 0.123320145 0.387555070 0.408505546 0.367788526 0.155382652
#> [817] 0.511148672 0.257597033 0.014113003 0.068743476 0.144184243 0.238577573
#> [823] 0.234159428 0.391557171 0.407350833 0.072585450 0.194518370 0.396116822
#> [829] 0.206091347 0.210363571 0.230272941 0.457778464 0.190787972 0.129612709
#> [835] 0.267878385 0.223250738 0.355354934 0.202938626 0.605861113 0.229196101
#> [841] 0.087717620 0.632653467 0.074329455 0.065288985 0.138195735 0.240708586
#> [847] 0.524651583 0.016408975 0.056900989 0.080897505 0.239562277 0.161921753
#> [853] 0.227417702 0.148687521 0.120652466 0.254258996 0.244820998 0.372331296
#> [859] 0.507861698 0.322467637 0.134225159 0.097327585 0.167760626 0.138037459
#> [865] 0.271169761 0.095273481 0.074287183 0.100723301 0.270449107 0.121251802
#> [871] 0.340166880 0.342119771 0.258298188 0.199014141 0.567045565 0.294596555
#> [877] 0.329300572 0.438833196 0.163150492 0.402488035 0.302763684 0.103288738
#> [883] 0.129084221 0.575129438 0.397029351 0.318346470 0.282649897 0.301077301
#> [889] 0.360314931 0.251685373 0.147465692 0.388397285 0.365042726 0.104292802
#> [895] 0.075393247 0.145434481 0.406355228 0.011999067 0.224059166 0.181245730
#> [901] 0.238960745 0.113875262 0.159888702 0.213561564 0.036163593 0.108534850
#> [907] 0.270327025 0.199115478 0.162250752 0.291787745 0.374230426 0.030234908
#> [913] 0.063662195 0.462354397 0.407183954 0.288232959 0.208920989 0.150641108
#> [919] 0.268549030 0.700500854 0.168143107 0.168535175 0.235523637 0.144172587
#> [925] 0.440852367 0.432376812 0.256182093 0.338809080 0.162467450 0.247612087
#> [931] 0.287348944 0.316274697 0.199406586 0.549086191 0.136920765 0.130007394
#> [937] 0.193156763 0.274237031 0.136762583 0.277979798 0.057629175 0.080336437
#> [943] 0.080606517 0.293697645 0.159168149 0.448233256 0.493905987 0.212489084
#> [949] 0.090379150 0.663744010 0.126782595 0.485383246 0.156309832 0.067637537
#> [955] 0.489078152 0.382136944 0.325049692 0.154823866 0.125361349 0.146226976
#> [961] 0.224007470 0.105764700 0.358903264 0.458008382 0.449871917 0.263366162
#> [967] 0.500183912 0.258554589 0.321250740 0.093101739 0.196826694 0.281626934
#> [973] 0.157402296 0.295993396 0.130307849 0.032995586 0.166845482 0.168295623
#> [979] 0.223392901 0.539046464 0.183476995 0.343254081 0.196147083 0.277388533
#> [985] 0.455098041 0.163034559 0.142792198 0.197636687 0.153130494 0.171888339
#> [991] 0.238050821 0.371884363 0.175838209 0.040529139 0.133867372 0.503936342
#> [997] 0.202979646 0.578270472 0.116411907 0.139049584