![[Experimental]](figures/lifecycle-experimental.svg)
A function that returns a prob() function that computes the toxicity
probabilities for a given dose level, based on the model specific parameters.
Usage
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'GeneralModel'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'ModelTox'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'LogisticLogNormalOrdinal'
probFunction(model, grade, ...)Value
A prob() function that computes toxicity probabilities.
Functions
probFunction(GeneralModel):probFunction(ModelTox):probFunction(LogisticLogNormalOrdinal):
Examples
my_model <- LogisticLogNormal(
mean = c(-0.85, 1),
cov = matrix(c(1, -0.5, -0.5, 1), nrow = 2),
ref_dose = 50
)
prob_fun <- probFunction(my_model, alpha0 = 2, alpha1 = 3)
prob_fun(30)
#> [1] 0.6147973
ordinal_data <- .DefaultDataOrdinal()
ordinal_model <- .DefaultLogisticLogNormalOrdinal()
opts <- .DefaultMcmcOptions()
samples <- mcmc(ordinal_data, ordinal_model, opts)
#> Warning: Unused variable "y" in data
probFunction(
ordinal_model,
grade = 2L,
alpha2 = samples@data$alpha1,
beta = samples@data$beta
)(50)
#> [1] 0.064095632 0.157473885 0.214838139 0.299483576 0.342051743 0.349323201
#> [7] 0.279022345 0.125623860 0.038701398 0.052548597 0.095877111 0.096240706
#> [13] 0.184162443 0.374109179 0.090672982 0.111199482 0.297743373 0.118012947
#> [19] 0.434392621 0.139518326 0.214224480 0.217422303 0.304119035 0.263877572
#> [25] 0.119159951 0.104518726 0.425893618 0.440941772 0.576633211 0.694805325
#> [31] 0.428369971 0.177750612 0.165381459 0.125189100 0.470848213 0.111364041
#> [37] 0.039875581 0.203340068 0.041900062 0.045018055 0.080011333 0.304813709
#> [43] 0.393560828 0.480026495 0.182539081 0.187194755 0.388420370 0.295380486
#> [49] 0.074385765 0.112228506 0.141703296 0.093746393 0.138785299 0.203175274
#> [55] 0.050477338 0.053164451 0.098852570 0.231123973 0.167057139 0.006774320
#> [61] 0.095253015 0.157528378 0.190975416 0.421278591 0.394649214 0.288331321
#> [67] 0.139200744 0.224359784 0.433612679 0.127948144 0.258857686 0.296662242
#> [73] 0.405199915 0.072567594 0.037646572 0.324117316 0.057713160 0.135634731
#> [79] 0.103395203 0.550638880 0.374638293 0.541488803 0.062957640 0.048710543
#> [85] 0.043935449 0.237004165 0.045167537 0.094075421 0.058057679 0.056763406
#> [91] 0.075307485 0.079656175 0.210926195 0.088183518 0.059260046 0.050920853
#> [97] 0.081905078 0.025438981 0.072978748 0.396743718 0.348494358 0.433176377
#> [103] 0.203960814 0.432635965 0.517433281 0.109866824 0.131566175 0.225133833
#> [109] 0.139658740 0.191641508 0.286291454 0.210855465 0.058542650 0.519731847
#> [115] 0.379345881 0.377478254 0.471839125 0.697864860 0.159783666 0.129541316
#> [121] 0.491232555 0.290616571 0.110374497 0.053550243 0.141157072 0.161288201
#> [127] 0.083400735 0.066405612 0.200954142 0.190266957 0.131496345 0.477699139
#> [133] 0.161388437 0.308613825 0.339554972 0.353283315 0.353723949 0.449537529
#> [139] 0.334639766 0.320410834 0.401215932 0.163612745 0.126826095 0.347228366
#> [145] 0.205084375 0.295812995 0.245255562 0.476853508 0.258332242 0.177921087
#> [151] 0.197241739 0.145237714 0.150890244 0.251180693 0.444422501 0.400774309
#> [157] 0.120786310 0.187597030 0.134033012 0.273895637 0.480404380 0.073208115
#> [163] 0.345659993 0.302494786 0.180301910 0.055900778 0.268642773 0.150606697
#> [169] 0.091639942 0.268634127 0.368522153 0.311344895 0.054025286 0.039526101
#> [175] 0.298717894 0.251058262 0.574186610 0.155972792 0.302259540 0.226604252
#> [181] 0.197729416 0.255412687 0.094509148 0.264626539 0.137781791 0.158055852
#> [187] 0.333817401 0.111908794 0.065594770 0.274698712 0.146735404 0.394704399
#> [193] 0.111460628 0.147885896 0.082162180 0.254892612 0.108678801 0.255045011
#> [199] 0.025520502 0.154261854 0.171403181 0.445561842 0.459323596 0.096575127
#> [205] 0.191002281 0.204596388 0.148672087 0.143279475 0.145147708 0.272365113
#> [211] 0.404368824 0.546503574 0.227517809 0.185567153 0.222526610 0.112280782
#> [217] 0.048365643 0.656534146 0.168616807 0.591847941 0.591881505 0.432184853
#> [223] 0.097928495 0.094967203 0.391476516 0.151021750 0.512166326 0.468841377
#> [229] 0.178259159 0.416816177 0.082632681 0.309462555 0.099471840 0.447438761
#> [235] 0.084337383 0.486634282 0.477246666 0.174359390 0.102415037 0.241827997
#> [241] 0.125461080 0.176695118 0.281527429 0.242203970 0.443935962 0.560420736
#> [247] 0.218337017 0.462293871 0.434259955 0.385027327 0.309284291 0.086826393
#> [253] 0.103470282 0.159084085 0.687916767 0.500573266 0.421908111 0.270294199
#> [259] 0.242059988 0.194841485 0.284137548 0.151471041 0.295419830 0.249031924
#> [265] 0.321500262 0.290228031 0.305788784 0.385434052 0.341140878 0.212916544
#> [271] 0.197170183 0.189777312 0.247175339 0.143032371 0.254176129 0.100931171
#> [277] 0.259938786 0.129508806 0.110624191 0.218778146 0.196945904 0.169036224
#> [283] 0.317523189 0.088965248 0.315406810 0.221411804 0.099785765 0.110322274
#> [289] 0.479907171 0.190377457 0.223203318 0.185875176 0.378690701 0.490122275
#> [295] 0.309101103 0.357818796 0.146360364 0.198051057 0.085129768 0.285453926
#> [301] 0.361668916 0.298692662 0.232136842 0.268285403 0.387366721 0.089956171
#> [307] 0.532813525 0.310526009 0.310469784 0.092637113 0.083403115 0.048573673
#> [313] 0.056433628 0.168291771 0.082279349 0.014146525 0.147080843 0.160276176
#> [319] 0.252972909 0.235378413 0.337754159 0.264325455 0.073611393 0.276331415
#> [325] 0.083551856 0.215594276 0.184630350 0.062898089 0.254562094 0.204040807
#> [331] 0.169047112 0.059642550 0.068431068 0.023487244 0.155731473 0.508280293
#> [337] 0.129965632 0.027167206 0.277582137 0.296349325 0.302792162 0.476242870
#> [343] 0.171892869 0.225028695 0.269196429 0.348692898 0.184857397 0.275404721
#> [349] 0.337722122 0.350260146 0.254093893 0.161638014 0.247728256 0.386079227
#> [355] 0.048932006 0.289995596 0.191132960 0.094681368 0.502018344 0.288004480
#> [361] 0.316354644 0.155350047 0.206474648 0.299004229 0.118657165 0.189968036
#> [367] 0.099413648 0.310543270 0.345811582 0.250698198 0.434253483 0.031409782
#> [373] 0.129823663 0.189388904 0.152711678 0.195725113 0.089636691 0.225869134
#> [379] 0.296421514 0.264104574 0.335289828 0.219806006 0.124704996 0.380937035
#> [385] 0.268402658 0.065906215 0.211651288 0.162976444 0.372797156 0.072719519
#> [391] 0.041467055 0.484567325 0.210648910 0.137598849 0.112484192 0.247893324
#> [397] 0.067456487 0.056074364 0.139435512 0.513984046 0.145889320 0.164042073
#> [403] 0.083736761 0.241546974 0.213470793 0.260753640 0.186954740 0.500289089
#> [409] 0.197506150 0.123483492 0.197513241 0.361362204 0.376950198 0.125649471
#> [415] 0.427379475 0.106307576 0.142760400 0.124090850 0.047029093 0.128748187
#> [421] 0.301138419 0.159702514 0.088460303 0.350170670 0.357873370 0.328654399
#> [427] 0.111066042 0.294174669 0.136648933 0.098538813 0.590793283 0.347110427
#> [433] 0.188448354 0.050220396 0.223862517 0.111053585 0.289255715 0.368866787
#> [439] 0.297774411 0.119000889 0.189223610 0.251252469 0.064203878 0.149986183
#> [445] 0.032162939 0.139779155 0.087572648 0.124815945 0.116870408 0.259113952
#> [451] 0.371876234 0.416258830 0.052065456 0.113434111 0.179511914 0.136768491
#> [457] 0.469919464 0.168272807 0.190102222 0.151531617 0.148180363 0.361209027
#> [463] 0.173868635 0.103565064 0.326565132 0.286617600 0.445798839 0.124936404
#> [469] 0.266527129 0.216732159 0.113299255 0.278871778 0.303502021 0.218206087
#> [475] 0.294928929 0.316787694 0.288691538 0.164698520 0.224197208 0.170077091
#> [481] 0.614525069 0.193247141 0.163132175 0.137349656 0.116929071 0.552852774
#> [487] 0.312465383 0.185957075 0.217257897 0.242225644 0.085025693 0.252309772
#> [493] 0.336080155 0.236165331 0.415059801 0.096707273 0.328493320 0.259888821
#> [499] 0.117244602 0.173279844 0.167430760 0.158270574 0.045182414 0.043755518
#> [505] 0.199787663 0.310126344 0.418109086 0.395437974 0.218159019 0.145048021
#> [511] 0.122063684 0.213635411 0.405679514 0.043285616 0.194364145 0.383601382
#> [517] 0.148211307 0.330442892 0.085798830 0.052586917 0.387144052 0.102730739
#> [523] 0.445590312 0.301885325 0.095491919 0.160774304 0.363758195 0.572769985
#> [529] 0.185862847 0.115869026 0.332982730 0.212566376 0.634896335 0.238171852
#> [535] 0.117396196 0.168493213 0.106777181 0.319658193 0.130611923 0.190688041
#> [541] 0.070926145 0.219041339 0.396364715 0.299718310 0.080162137 0.194080846
#> [547] 0.210201246 0.318847105 0.177064164 0.419158175 0.182068866 0.077704121
#> [553] 0.101904454 0.053064819 0.345576965 0.068118411 0.085391785 0.121689259
#> [559] 0.262530262 0.262286356 0.133254764 0.072205883 0.070753770 0.329418946
#> [565] 0.400009421 0.246396421 0.290013561 0.451648716 0.129253444 0.362039002
#> [571] 0.087620234 0.018559646 0.212279454 0.106699554 0.228107685 0.449453155
#> [577] 0.414229750 0.214622599 0.143650992 0.362104281 0.228493656 0.279039324
#> [583] 0.406842379 0.577839839 0.424377232 0.098134636 0.460223806 0.327001938
#> [589] 0.257181737 0.241848843 0.049919830 0.227772482 0.172293774 0.197100295
#> [595] 0.317344602 0.333787588 0.123482690 0.191466796 0.105269695 0.365305050
#> [601] 0.116211485 0.356885075 0.207830312 0.194368017 0.156217200 0.194741409
#> [607] 0.212900921 0.089066739 0.024504349 0.443348657 0.484527671 0.483216643
#> [613] 0.123245205 0.175403287 0.291249821 0.384447763 0.269650674 0.387940656
#> [619] 0.184205759 0.074562500 0.354724390 0.298593427 0.187265509 0.171262144
#> [625] 0.291055247 0.200797173 0.056698057 0.427652885 0.064674217 0.176040358
#> [631] 0.383517412 0.464808971 0.502158667 0.192510942 0.044006014 0.036235910
#> [637] 0.473630276 0.155081853 0.208326014 0.164689002 0.258938211 0.310326131
#> [643] 0.339635155 0.236452142 0.106565763 0.130077931 0.445991205 0.163081773
#> [649] 0.114073679 0.258283196 0.318410631 0.162338053 0.356763265 0.384145906
#> [655] 0.221482654 0.099789674 0.271270351 0.183617695 0.201234138 0.250538380
#> [661] 0.230886305 0.512492433 0.256923577 0.288041716 0.186042257 0.428750185
#> [667] 0.388226693 0.204744422 0.308236294 0.584572070 0.245484707 0.346886176
#> [673] 0.202383383 0.186824797 0.040266574 0.222163489 0.146526210 0.401553841
#> [679] 0.241864579 0.276830858 0.304039705 0.314120175 0.238965385 0.234781726
#> [685] 0.285822157 0.010134701 0.490459979 0.211129193 0.137225141 0.306186537
#> [691] 0.277105803 0.572278761 0.244159784 0.096625929 0.257696484 0.689344472
#> [697] 0.463554252 0.419184651 0.241742702 0.237632192 0.125013376 0.143584291
#> [703] 0.743731348 0.086752932 0.129304654 0.332641427 0.194303997 0.247514847
#> [709] 0.331065218 0.465925367 0.133744477 0.113545862 0.103158550 0.100747803
#> [715] 0.162533823 0.138849359 0.247926861 0.183331448 0.301107855 0.407648101
#> [721] 0.296657957 0.393977958 0.101890714 0.093573798 0.412389415 0.355008496
#> [727] 0.351076716 0.133570744 0.568116166 0.561714698 0.232758281 0.103459260
#> [733] 0.123890399 0.204803418 0.042560364 0.153034962 0.095458299 0.211904338
#> [739] 0.123598426 0.287829067 0.314235111 0.160205385 0.105425279 0.168011746
#> [745] 0.303662679 0.358909070 0.044005317 0.246800383 0.310396181 0.177857791
#> [751] 0.282791819 0.125375375 0.309042972 0.121228362 0.284987282 0.382351721
#> [757] 0.123856085 0.197846757 0.036962114 0.127039384 0.347946942 0.138699311
#> [763] 0.069153041 0.029053381 0.050481565 0.283409880 0.536219837 0.133624204
#> [769] 0.133046874 0.233563926 0.245437114 0.148823320 0.191636324 0.296586556
#> [775] 0.039372491 0.073372431 0.610846526 0.343667524 0.082335717 0.172060401
#> [781] 0.121561015 0.172677204 0.276581712 0.196656234 0.265203831 0.204752230
#> [787] 0.187956747 0.199236691 0.285759465 0.256300160 0.446131939 0.154317343
#> [793] 0.428297760 0.307343147 0.145617949 0.191840885 0.126880007 0.126719233
#> [799] 0.120977789 0.270240534 0.118553376 0.218593483 0.207822174 0.273456476
#> [805] 0.082335986 0.397732037 0.349312198 0.457274680 0.131215127 0.568484150
#> [811] 0.243053655 0.121451295 0.280866265 0.150847187 0.487162164 0.083031707
#> [817] 0.171039871 0.246023321 0.233645845 0.200928611 0.391160622 0.133284817
#> [823] 0.021827811 0.052357056 0.156611444 0.468801258 0.233962907 0.068956719
#> [829] 0.022786436 0.083530718 0.391830970 0.310735513 0.200581015 0.247579958
#> [835] 0.573506470 0.467804042 0.198327771 0.073344507 0.260093728 0.268986577
#> [841] 0.138998382 0.390933836 0.239257147 0.312666685 0.276166000 0.126506671
#> [847] 0.114915304 0.424738388 0.145502385 0.555029729 0.486816444 0.088336546
#> [853] 0.063979464 0.151435652 0.206638503 0.372853868 0.571092501 0.122095333
#> [859] 0.079102680 0.490168653 0.096046756 0.027732787 0.047734587 0.043153480
#> [865] 0.373899010 0.218366446 0.230801831 0.445464296 0.179646029 0.342338253
#> [871] 0.099156128 0.188359446 0.036705131 0.020157691 0.069426293 0.075022193
#> [877] 0.089080310 0.124238587 0.273824926 0.323635314 0.016574903 0.174053599
#> [883] 0.176443143 0.230650871 0.450724704 0.192358481 0.293782270 0.235565937
#> [889] 0.352275837 0.100966253 0.077602246 0.097853669 0.290953531 0.174123425
#> [895] 0.158486595 0.192963274 0.240673612 0.143672968 0.409755023 0.298960600
#> [901] 0.297359986 0.243852921 0.368313576 0.397551764 0.073528669 0.232006613
#> [907] 0.332192210 0.019946162 0.133498819 0.188176553 0.242337059 0.112878554
#> [913] 0.076493679 0.233291569 0.148455586 0.368673807 0.077671909 0.127231270
#> [919] 0.243968802 0.309565468 0.283875875 0.390467081 0.237638069 0.104062944
#> [925] 0.390017686 0.408305674 0.361605931 0.130180270 0.088215206 0.148829329
#> [931] 0.182915212 0.017113702 0.004726910 0.003732118 0.038806141 0.063746435
#> [937] 0.033210786 0.273576875 0.190601989 0.480406748 0.191993671 0.132104254
#> [943] 0.102939229 0.092748559 0.354491251 0.376281474 0.380204878 0.550177450
#> [949] 0.026963081 0.212833694 0.207774550 0.065778297 0.306313599 0.267890830
#> [955] 0.240862417 0.256135276 0.172953828 0.249637169 0.121367172 0.217261256
#> [961] 0.200721929 0.092823948 0.101850332 0.204825881 0.294709852 0.108174938
#> [967] 0.182874749 0.058588415 0.103838096 0.148363870 0.232603851 0.122309723
#> [973] 0.106515507 0.324425025 0.109883932 0.393202880 0.624503818 0.265775088
#> [979] 0.159912947 0.232430027 0.136916058 0.079093953 0.050065331 0.133208315
#> [985] 0.072023993 0.125784121 0.284795215 0.114073964 0.079332196 0.019789739
#> [991] 0.060297104 0.282543244 0.161390173 0.280224954 0.160965603 0.210890831
#> [997] 0.368331274 0.377357284 0.224482865 0.306825909