![[Experimental]](figures/lifecycle-experimental.svg)
A function that returns a prob() function that computes the toxicity
probabilities for a given dose level, based on the model specific parameters.
Usage
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'GeneralModel'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'ModelTox'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'LogisticLogNormalOrdinal'
probFunction(model, grade, ...)Value
A prob() function that computes toxicity probabilities.
Functions
probFunction(GeneralModel):probFunction(ModelTox):probFunction(LogisticLogNormalOrdinal):
Examples
my_model <- LogisticLogNormal(
mean = c(-0.85, 1),
cov = matrix(c(1, -0.5, -0.5, 1), nrow = 2),
ref_dose = 50
)
prob_fun <- probFunction(my_model, alpha0 = 2, alpha1 = 3)
prob_fun(30)
#> [1] 0.6147973
ordinal_data <- .DefaultDataOrdinal()
ordinal_model <- .DefaultLogisticLogNormalOrdinal()
opts <- .DefaultMcmcOptions()
samples <- mcmc(ordinal_data, ordinal_model, opts)
probFunction(
ordinal_model,
grade = 2L,
alpha2 = samples@data$alpha1,
beta = samples@data$beta
)(50)
#> [1] 0.142652206 0.226954031 0.298461567 0.337604662 0.130309406 0.446804284
#> [7] 0.192659045 0.189320239 0.113245124 0.147469431 0.066640799 0.346112902
#> [13] 0.433743519 0.206182385 0.606184146 0.462975788 0.369776118 0.108662927
#> [19] 0.077775594 0.019237994 0.573329566 0.291417719 0.373770824 0.143386562
#> [25] 0.074220502 0.419627244 0.223673621 0.221666072 0.222473652 0.105797419
#> [31] 0.110929086 0.071983409 0.012798199 0.202770854 0.104721249 0.158640502
#> [37] 0.234370636 0.105429724 0.245505211 0.223761138 0.341522890 0.394430894
#> [43] 0.166876918 0.132854736 0.435764571 0.287897569 0.431356600 0.198880637
#> [49] 0.201856636 0.153991211 0.260741139 0.098987920 0.475445307 0.098660204
#> [55] 0.135483243 0.134124245 0.081304069 0.323239197 0.077691434 0.132105495
#> [61] 0.050621852 0.183004130 0.192030668 0.225879658 0.258949582 0.212818997
#> [67] 0.216345501 0.233845849 0.373419632 0.433519846 0.270357036 0.433208665
#> [73] 0.248019976 0.145406900 0.095369732 0.128967239 0.310427118 0.226593375
#> [79] 0.321791536 0.085754132 0.307013473 0.312460716 0.228457735 0.470591584
#> [85] 0.155343234 0.286850907 0.210224780 0.219457326 0.092481999 0.005664939
#> [91] 0.030341636 0.108081679 0.141014893 0.345340815 0.164075651 0.320330034
#> [97] 0.155880496 0.478143414 0.308945209 0.295219338 0.041707808 0.419199717
#> [103] 0.224052200 0.209126209 0.446174344 0.352581639 0.271914236 0.251059931
#> [109] 0.321329570 0.207795786 0.094478166 0.162647780 0.113561829 0.390773591
#> [115] 0.164317353 0.213601116 0.150867044 0.211883660 0.080477334 0.136946919
#> [121] 0.137757386 0.237841062 0.272809603 0.330159487 0.340914565 0.505870419
#> [127] 0.187806101 0.070165909 0.361122608 0.230751231 0.406424582 0.210608089
#> [133] 0.215641201 0.107807108 0.082844651 0.119133473 0.472418530 0.510462575
#> [139] 0.406161520 0.267431517 0.237377947 0.343981168 0.446464076 0.309497030
#> [145] 0.435541479 0.348553403 0.177895130 0.184573214 0.478477934 0.218256788
#> [151] 0.305494292 0.491928733 0.505639432 0.483120166 0.300587489 0.172120483
#> [157] 0.183694877 0.284205798 0.312611880 0.138430845 0.424506995 0.143414693
#> [163] 0.284413076 0.147185284 0.124576517 0.338983117 0.264605564 0.135366563
#> [169] 0.266811284 0.221104235 0.231080740 0.314816098 0.299800076 0.477124952
#> [175] 0.349157845 0.103571148 0.119569223 0.129566691 0.050060291 0.233549525
#> [181] 0.297896935 0.079026516 0.096790283 0.281351154 0.630865585 0.182425903
#> [187] 0.183431050 0.363257790 0.136083458 0.245959140 0.087186067 0.149839663
#> [193] 0.335908911 0.460752691 0.320849216 0.096012726 0.530544016 0.397686470
#> [199] 0.080710238 0.215605051 0.183845635 0.129818701 0.178489685 0.246610278
#> [205] 0.365378959 0.417611759 0.364203115 0.091455929 0.206850321 0.085002522
#> [211] 0.305527481 0.175454597 0.094557091 0.172469798 0.036212729 0.029020473
#> [217] 0.062444889 0.161080918 0.397216113 0.188768487 0.097551496 0.170308134
#> [223] 0.128218423 0.165451452 0.204901994 0.204490410 0.173964638 0.253859337
#> [229] 0.204363060 0.096160790 0.153108729 0.258943664 0.228465984 0.396236182
#> [235] 0.154883046 0.141543742 0.045957346 0.040163153 0.199356027 0.117550221
#> [241] 0.146851538 0.205011819 0.285412229 0.219353828 0.447667363 0.430682675
#> [247] 0.436907874 0.039260222 0.331444310 0.318461521 0.481354631 0.095143996
#> [253] 0.217585162 0.410667661 0.524053575 0.056992486 0.076494444 0.037254495
#> [259] 0.122951973 0.098263536 0.084144423 0.335598215 0.139262720 0.329874256
#> [265] 0.190255379 0.113427868 0.181670001 0.061641347 0.195141279 0.328603518
#> [271] 0.326163124 0.313047148 0.369235705 0.252214313 0.149956739 0.165644874
#> [277] 0.231022328 0.354739319 0.236497860 0.066053441 0.038800127 0.039977134
#> [283] 0.667936931 0.667747143 0.144911202 0.138514216 0.091749314 0.176345771
#> [289] 0.123338350 0.187755108 0.319130483 0.300354550 0.322678455 0.555134507
#> [295] 0.215001918 0.187998266 0.130341698 0.276582368 0.191169369 0.028720264
#> [301] 0.106631212 0.340885020 0.606480465 0.220950558 0.328281970 0.292005702
#> [307] 0.408217030 0.275385183 0.292919571 0.159966014 0.144403048 0.271361202
#> [313] 0.231140599 0.103508284 0.080159293 0.266064376 0.092702181 0.323273000
#> [319] 0.232872019 0.304110176 0.139878258 0.023340787 0.055917561 0.145402671
#> [325] 0.339906690 0.562167465 0.164178035 0.199204295 0.367581250 0.228106229
#> [331] 0.439944006 0.157393935 0.242967371 0.247134033 0.317947316 0.030340035
#> [337] 0.017912582 0.020727051 0.196126813 0.187956690 0.291227893 0.282246319
#> [343] 0.260087586 0.174141041 0.339881147 0.260053945 0.188838616 0.107925010
#> [349] 0.251248027 0.402241827 0.299712042 0.185245229 0.134783742 0.221937243
#> [355] 0.143167838 0.303454423 0.546913790 0.126457923 0.222931733 0.177796578
#> [361] 0.133909573 0.117204729 0.146918867 0.254374722 0.204913929 0.366857034
#> [367] 0.344476871 0.181307935 0.470450112 0.082102312 0.087468213 0.051902263
#> [373] 0.372741883 0.191614162 0.242760231 0.193122772 0.205352360 0.382135634
#> [379] 0.210852607 0.403277982 0.207488995 0.400601297 0.328891804 0.099141193
#> [385] 0.612662282 0.240105705 0.233216121 0.294569913 0.085405371 0.071221295
#> [391] 0.110704783 0.624572108 0.237666672 0.226524285 0.120921862 0.198826816
#> [397] 0.207631993 0.301408027 0.146200514 0.131345825 0.207306319 0.308104537
#> [403] 0.258708009 0.106813295 0.074933806 0.052498969 0.166825329 0.238041231
#> [409] 0.232774930 0.194680597 0.216298640 0.275852935 0.276239050 0.378577703
#> [415] 0.135140804 0.133677892 0.113112380 0.392690434 0.205932036 0.125844968
#> [421] 0.151869138 0.205670076 0.086778303 0.077485071 0.066398891 0.425511678
#> [427] 0.331193281 0.262243467 0.471665806 0.384349580 0.087250450 0.102433224
#> [433] 0.282134297 0.206258896 0.359235559 0.161681019 0.506893139 0.188770090
#> [439] 0.217833079 0.299381223 0.405496096 0.452962651 0.503898873 0.128770732
#> [445] 0.163227893 0.092539526 0.350038804 0.101101572 0.115328961 0.226234320
#> [451] 0.249535845 0.118590803 0.152065909 0.114830679 0.229718272 0.106613794
#> [457] 0.195157531 0.439517287 0.212595302 0.325395129 0.218191587 0.478382773
#> [463] 0.147712425 0.238732126 0.431234108 0.336428781 0.126083954 0.242962681
#> [469] 0.191099054 0.277581270 0.660731475 0.496533983 0.124350599 0.110852724
#> [475] 0.240096490 0.173137648 0.215322810 0.269243970 0.170720270 0.222965019
#> [481] 0.263372133 0.038301321 0.130472157 0.415937448 0.353539391 0.076910189
#> [487] 0.171262750 0.200148903 0.183887436 0.198729293 0.232782734 0.363548974
#> [493] 0.395983915 0.443779911 0.133283672 0.148278003 0.268805458 0.417352320
#> [499] 0.182197506 0.121932519 0.155640736 0.181803977 0.222242409 0.143621530
#> [505] 0.086950917 0.536646894 0.292837572 0.263671541 0.162583343 0.212988388
#> [511] 0.246501832 0.150321995 0.439538354 0.220748775 0.163287919 0.299881883
#> [517] 0.198473936 0.115804155 0.104368971 0.131266441 0.071011308 0.038099029
#> [523] 0.064222214 0.006551918 0.131858524 0.277670209 0.323696468 0.103084282
#> [529] 0.476832885 0.511572365 0.469726645 0.339428849 0.066961580 0.136887357
#> [535] 0.399560783 0.492868523 0.130020371 0.046379321 0.359145818 0.214428001
#> [541] 0.178534461 0.311546304 0.437222531 0.378333721 0.340564936 0.356669401
#> [547] 0.202069107 0.425722931 0.096699411 0.067809148 0.113865543 0.307271449
#> [553] 0.215380771 0.408698006 0.201336247 0.108047051 0.067856191 0.136186041
#> [559] 0.101940033 0.178298549 0.063960481 0.053996181 0.220887485 0.241478721
#> [565] 0.239167323 0.259729877 0.309901342 0.091797204 0.038616624 0.043094039
#> [571] 0.360300288 0.088665411 0.197770471 0.101761560 0.050442694 0.098166946
#> [577] 0.074903661 0.472454741 0.205156514 0.054037387 0.251787739 0.111349334
#> [583] 0.374958138 0.592164951 0.049576753 0.249463747 0.117996633 0.245704188
#> [589] 0.293340993 0.371662988 0.392175923 0.210169730 0.306799266 0.324528431
#> [595] 0.212331514 0.210969608 0.168434138 0.338424901 0.683783698 0.157990620
#> [601] 0.296771914 0.192494552 0.182511564 0.259744464 0.157556243 0.100346350
#> [607] 0.356050896 0.495096497 0.506750960 0.129402598 0.283172040 0.337487452
#> [613] 0.284600338 0.386889995 0.435720577 0.398199813 0.229050741 0.317501111
#> [619] 0.204999934 0.279672898 0.354923624 0.224196052 0.150545380 0.406610105
#> [625] 0.073678735 0.040760961 0.150205191 0.225530553 0.170244213 0.392968473
#> [631] 0.434552316 0.323287682 0.111238844 0.170043949 0.072760859 0.143566571
#> [637] 0.288642660 0.129459165 0.158251341 0.336589354 0.405976369 0.097445509
#> [643] 0.229838506 0.153012751 0.106750003 0.045224607 0.082980224 0.270678797
#> [649] 0.064805118 0.127329464 0.252392697 0.052272638 0.342585948 0.302905566
#> [655] 0.230323084 0.114515940 0.082156947 0.229657853 0.132689059 0.220260202
#> [661] 0.192866378 0.161202868 0.048919078 0.047206399 0.407725959 0.072607432
#> [667] 0.067099072 0.083125459 0.087240676 0.268492484 0.145789630 0.130518564
#> [673] 0.174381352 0.165506729 0.241826436 0.391486254 0.094039217 0.036928645
#> [679] 0.030314489 0.053893403 0.083457900 0.070337501 0.304484209 0.502317117
#> [685] 0.188169429 0.059553278 0.369110395 0.266948125 0.169416762 0.469906519
#> [691] 0.153871149 0.181660167 0.399123426 0.283314070 0.185897529 0.118070904
#> [697] 0.394616439 0.475782084 0.301299445 0.306721060 0.240495914 0.389571026
#> [703] 0.338598692 0.277014044 0.357224434 0.241949003 0.212353967 0.330929781
#> [709] 0.073359986 0.108036969 0.063179055 0.031492154 0.259424720 0.260193279
#> [715] 0.353132700 0.409577221 0.212009144 0.254451054 0.073442251 0.065354594
#> [721] 0.026045523 0.062166661 0.163467344 0.145933965 0.264050886 0.221899737
#> [727] 0.151126301 0.273629548 0.222901225 0.135030786 0.208600867 0.099624033
#> [733] 0.080525322 0.095805436 0.079825729 0.335697347 0.179266123 0.155570810
#> [739] 0.302973427 0.218855874 0.294948682 0.389002426 0.252284491 0.260640211
#> [745] 0.148424802 0.181158892 0.345674211 0.286493994 0.350116294 0.431253171
#> [751] 0.068724010 0.079637256 0.147968589 0.217390695 0.306415832 0.247664293
#> [757] 0.359434742 0.222626845 0.279295356 0.297085178 0.339526775 0.327939540
#> [763] 0.138789650 0.240023157 0.205063925 0.252694392 0.358557734 0.381845515
#> [769] 0.289000228 0.207898227 0.250029068 0.324104181 0.416674401 0.254718931
#> [775] 0.252992303 0.113690653 0.212092980 0.302009393 0.152798398 0.062038022
#> [781] 0.353924205 0.316517693 0.174949847 0.097356310 0.298630521 0.121176789
#> [787] 0.224539803 0.110648143 0.446518661 0.189042764 0.560667406 0.352576727
#> [793] 0.396615249 0.169287412 0.127605860 0.199588017 0.129360532 0.117983299
#> [799] 0.075667074 0.056955603 0.138813086 0.175887259 0.308949244 0.329909338
#> [805] 0.136526281 0.057426195 0.243359294 0.126444785 0.303325977 0.067226537
#> [811] 0.077285491 0.106700100 0.050937038 0.068734830 0.146995512 0.161137947
#> [817] 0.279593518 0.184105159 0.124833756 0.035018227 0.390753093 0.613732585
#> [823] 0.321055864 0.254844302 0.123022750 0.279671900 0.257510995 0.156491015
#> [829] 0.410654817 0.343222689 0.208250291 0.408940929 0.138991765 0.397276023
#> [835] 0.281703992 0.147526599 0.070246257 0.097443245 0.380435976 0.314925324
#> [841] 0.287916808 0.485247290 0.233075178 0.214136343 0.405400014 0.205944176
#> [847] 0.466447118 0.133657347 0.266852012 0.283090937 0.469489828 0.504864401
#> [853] 0.146069265 0.220279603 0.639258129 0.179764148 0.430759738 0.081773694
#> [859] 0.146632055 0.285202829 0.517165668 0.350264361 0.366159735 0.325909858
#> [865] 0.347505121 0.401352682 0.241286765 0.208379798 0.701696033 0.128300209
#> [871] 0.427071684 0.187478509 0.201791837 0.086930645 0.017441729 0.130437018
#> [877] 0.124128758 0.074879487 0.145094451 0.314686601 0.143820555 0.202958310
#> [883] 0.109735101 0.129658658 0.259851259 0.041331222 0.153367054 0.186601330
#> [889] 0.279036614 0.432308550 0.133995509 0.295944983 0.130035120 0.303423117
#> [895] 0.323751866 0.084329655 0.167722164 0.240841273 0.259571963 0.136042409
#> [901] 0.108919366 0.023678828 0.382772684 0.198465861 0.244595311 0.117894161
#> [907] 0.358692005 0.550071557 0.528481932 0.295848537 0.320718441 0.382465167
#> [913] 0.205086557 0.253971542 0.109137498 0.184755486 0.148161678 0.295847771
#> [919] 0.230844878 0.057804438 0.170959563 0.321006363 0.256931932 0.304904816
#> [925] 0.317987669 0.192150623 0.069654897 0.267279788 0.379176335 0.247323036
#> [931] 0.093033674 0.104018308 0.246293458 0.071628951 0.116496807 0.379636276
#> [937] 0.088026585 0.039628127 0.107181932 0.123172915 0.018551097 0.368931489
#> [943] 0.303922118 0.344893430 0.209114890 0.086263794 0.055330277 0.371972773
#> [949] 0.150004422 0.266154514 0.123160641 0.240559180 0.312111663 0.218754495
#> [955] 0.065162954 0.277782046 0.282561499 0.224858213 0.204466542 0.177993696
#> [961] 0.239254868 0.160166584 0.117688398 0.454681767 0.192712622 0.076671411
#> [967] 0.308539152 0.407061301 0.045928594 0.192958088 0.286669393 0.275017191
#> [973] 0.240517060 0.334332470 0.197386286 0.194117810 0.471730318 0.180627205
#> [979] 0.354357391 0.266447217 0.157363907 0.198527442 0.136303178 0.140877677
#> [985] 0.441142937 0.017796267 0.226734997 0.313678833 0.182482106 0.431246765
#> [991] 0.447814606 0.192426493 0.178926258 0.339685609 0.183476279 0.242569813
#> [997] 0.414663252 0.195773063 0.199560241 0.348360820