![[Experimental]](figures/lifecycle-experimental.svg)
A function that returns a prob() function that computes the toxicity
probabilities for a given dose level, based on the model specific parameters.
Usage
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'GeneralModel'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'ModelTox'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'LogisticLogNormalOrdinal'
probFunction(model, grade, ...)Value
A prob() function that computes toxicity probabilities.
Functions
probFunction(GeneralModel):probFunction(ModelTox):probFunction(LogisticLogNormalOrdinal):
Examples
my_model <- LogisticLogNormal(
mean = c(-0.85, 1),
cov = matrix(c(1, -0.5, -0.5, 1), nrow = 2),
ref_dose = 50
)
prob_fun <- probFunction(my_model, alpha0 = 2, alpha1 = 3)
prob_fun(30)
#> [1] 0.6147973
ordinal_data <- .DefaultDataOrdinal()
ordinal_model <- .DefaultLogisticLogNormalOrdinal()
opts <- .DefaultMcmcOptions()
samples <- mcmc(ordinal_data, ordinal_model, opts)
#> Warning: Unused variable "y" in data
probFunction(
ordinal_model,
grade = 2L,
alpha2 = samples@data$alpha1,
beta = samples@data$beta
)(50)
#> [1] 0.147712640 0.134656834 0.114065755 0.089259271 0.484351749 0.022874736
#> [7] 0.006035699 0.033535425 0.034811821 0.129379609 0.141017376 0.567944047
#> [13] 0.256938184 0.411352677 0.243637101 0.636741888 0.736826396 0.283783035
#> [19] 0.551824412 0.265087547 0.400465629 0.399546936 0.117280410 0.138053379
#> [25] 0.110889482 0.408355656 0.407803307 0.183073237 0.108269034 0.297892642
#> [31] 0.405775440 0.580055062 0.192471378 0.383955364 0.023403841 0.300425126
#> [37] 0.237257555 0.290418983 0.215872774 0.244764183 0.141663578 0.191347849
#> [43] 0.257410577 0.259817767 0.386223316 0.294148605 0.063112528 0.261104364
#> [49] 0.151279252 0.498399818 0.554950608 0.213235730 0.302435851 0.132012909
#> [55] 0.167823684 0.080804917 0.118705727 0.367710530 0.209555282 0.304124437
#> [61] 0.160567619 0.071552517 0.128833270 0.257726353 0.216008366 0.410675919
#> [67] 0.150789858 0.310077275 0.304053411 0.181744601 0.112778762 0.302121308
#> [73] 0.602074324 0.233523765 0.297284498 0.329580757 0.229438125 0.191313734
#> [79] 0.145842361 0.280295082 0.418235609 0.389565813 0.276229057 0.205771045
#> [85] 0.108082552 0.149968335 0.526567803 0.165148737 0.236168911 0.225971136
#> [91] 0.335951294 0.071316183 0.208485857 0.078854409 0.029514701 0.073297100
#> [97] 0.215771937 0.072045395 0.183560500 0.169641656 0.559236434 0.276702389
#> [103] 0.399435495 0.296563024 0.285448990 0.268141485 0.335465016 0.414534177
#> [109] 0.336809418 0.569984051 0.261810680 0.338216995 0.277925887 0.463215288
#> [115] 0.307625259 0.247372937 0.032745581 0.087869297 0.184371930 0.219514272
#> [121] 0.083067649 0.062485962 0.451167245 0.751792187 0.430242899 0.526407346
#> [127] 0.544819632 0.611171526 0.385008726 0.286193177 0.156485717 0.206037413
#> [133] 0.243654902 0.354379622 0.431101352 0.371440855 0.363403603 0.272023952
#> [139] 0.136221231 0.362543089 0.192897274 0.214705434 0.132404736 0.390390903
#> [145] 0.381220181 0.167692701 0.360100500 0.331953489 0.292746918 0.170915955
#> [151] 0.321434669 0.242366823 0.318431344 0.088049019 0.667597795 0.642301284
#> [157] 0.194761818 0.154500801 0.325461349 0.263127060 0.124605782 0.087630178
#> [163] 0.077278017 0.095891865 0.349228567 0.176712993 0.141268487 0.103889324
#> [169] 0.237513864 0.282348722 0.457433420 0.128390132 0.175435551 0.249016618
#> [175] 0.324542705 0.398869763 0.278208626 0.381422760 0.155467116 0.329489306
#> [181] 0.399780063 0.137467078 0.309186248 0.140892870 0.119795532 0.112102728
#> [187] 0.020192779 0.016415349 0.367686251 0.356841839 0.175722488 0.113127484
#> [193] 0.185533739 0.378571878 0.107098055 0.391226119 0.118602288 0.323138848
#> [199] 0.352009084 0.557613307 0.297156353 0.163971975 0.219425366 0.053160311
#> [205] 0.283847882 0.339796895 0.190378828 0.056512032 0.140834101 0.045188532
#> [211] 0.108008103 0.326808703 0.402312254 0.118977664 0.153760042 0.255635375
#> [217] 0.233501218 0.312138146 0.237511799 0.301857664 0.099329305 0.248079924
#> [223] 0.159569205 0.081865056 0.111475017 0.123668640 0.394621534 0.117406299
#> [229] 0.374139355 0.425629415 0.214151694 0.251483874 0.424999421 0.144861372
#> [235] 0.287618072 0.089038836 0.308494960 0.257666212 0.121123631 0.421545032
#> [241] 0.465924353 0.107661769 0.066883314 0.315831374 0.310757269 0.111239413
#> [247] 0.200647491 0.160063481 0.380909180 0.225654597 0.152141145 0.114573785
#> [253] 0.013451900 0.048386943 0.062083306 0.163904604 0.381023282 0.202352346
#> [259] 0.316154820 0.311950118 0.576117363 0.397250168 0.431085281 0.113458733
#> [265] 0.599051556 0.166656195 0.162896922 0.148407116 0.136737658 0.370885990
#> [271] 0.137849864 0.318483984 0.090942324 0.159249906 0.153139521 0.123982791
#> [277] 0.209962554 0.355851470 0.269812688 0.222277976 0.321910411 0.504551617
#> [283] 0.245531715 0.281311322 0.571620664 0.049111884 0.391277646 0.242911746
#> [289] 0.342263422 0.336916456 0.266081098 0.458740163 0.339664625 0.169468363
#> [295] 0.150551225 0.330255419 0.156338230 0.075620047 0.399622865 0.389000441
#> [301] 0.124101450 0.249273218 0.274972033 0.408651057 0.288993229 0.177878533
#> [307] 0.501313412 0.033428165 0.154335402 0.518269032 0.112702981 0.330469709
#> [313] 0.058749244 0.131220108 0.265555132 0.283378274 0.483917543 0.105523751
#> [319] 0.108857635 0.060516254 0.079246853 0.061808727 0.029782529 0.024675315
#> [325] 0.188600337 0.090826747 0.061135569 0.039100101 0.150370163 0.292656011
#> [331] 0.166494532 0.197386364 0.538895553 0.477791211 0.220164740 0.255034716
#> [337] 0.318654549 0.105798917 0.111854164 0.141048393 0.042784057 0.463924565
#> [343] 0.423782560 0.268771169 0.260447707 0.110645077 0.110343241 0.094916563
#> [349] 0.242846420 0.402829301 0.215612681 0.307253072 0.227843154 0.256948980
#> [355] 0.364220783 0.277069837 0.319910870 0.254646662 0.160803562 0.164301565
#> [361] 0.146397624 0.515527269 0.182292541 0.376540322 0.126092573 0.549225101
#> [367] 0.139041446 0.199527108 0.115859119 0.272480736 0.322671225 0.266120430
#> [373] 0.464885864 0.117087680 0.079877217 0.215337461 0.143573669 0.108131388
#> [379] 0.122528313 0.303379513 0.090127394 0.584118989 0.070785441 0.089164128
#> [385] 0.205663710 0.206812836 0.424714564 0.472317438 0.213825806 0.279590584
#> [391] 0.053624288 0.055799464 0.337893176 0.407327911 0.214747882 0.159647150
#> [397] 0.177027220 0.219509813 0.384104613 0.487397337 0.326695069 0.172267641
#> [403] 0.283563417 0.074771608 0.164139608 0.170394861 0.180102961 0.300160113
#> [409] 0.109252165 0.178806389 0.338650571 0.213484223 0.035951121 0.058699023
#> [415] 0.053783986 0.108928366 0.283413892 0.135171522 0.040477248 0.129807285
#> [421] 0.157837127 0.382415894 0.414202637 0.182095599 0.039473873 0.055431999
#> [427] 0.058290222 0.485450237 0.263080680 0.408911257 0.444187790 0.145556674
#> [433] 0.552154280 0.090456982 0.428716254 0.208639456 0.528391951 0.251402106
#> [439] 0.079456936 0.354653878 0.161903223 0.276343791 0.395313557 0.298811402
#> [445] 0.065557030 0.275121852 0.050303046 0.308270966 0.303916276 0.233314402
#> [451] 0.304725916 0.478152490 0.157745739 0.083251735 0.047998598 0.249364812
#> [457] 0.042531693 0.245206273 0.411162379 0.177270756 0.246857305 0.482270718
#> [463] 0.463158140 0.670186457 0.147549795 0.267238047 0.044080416 0.090171036
#> [469] 0.104149377 0.118634393 0.454846864 0.271344136 0.243270896 0.243070749
#> [475] 0.302592226 0.289358565 0.434120762 0.257470008 0.173169528 0.057874018
#> [481] 0.173548186 0.176196872 0.125689176 0.032570426 0.069166237 0.315789642
#> [487] 0.325775396 0.390677457 0.231475283 0.456338022 0.131819204 0.262274470
#> [493] 0.271569651 0.076701351 0.394498690 0.181409508 0.298664312 0.178994583
#> [499] 0.268758161 0.394317332 0.165378188 0.154998767 0.285249319 0.122047982
#> [505] 0.084559009 0.223383539 0.410954369 0.319172165 0.331830793 0.101497827
#> [511] 0.242875042 0.351717445 0.423257740 0.179166803 0.186886031 0.155565538
#> [517] 0.115918903 0.352178511 0.086894979 0.070739949 0.153126990 0.214134792
#> [523] 0.309583937 0.123892983 0.612845376 0.024264236 0.203490902 0.127079472
#> [529] 0.107157965 0.039661815 0.149083680 0.327910706 0.206907079 0.224878820
#> [535] 0.474515836 0.166327908 0.320675905 0.281328124 0.320463930 0.087100479
#> [541] 0.032784317 0.214594391 0.396799839 0.197527976 0.078232301 0.100216462
#> [547] 0.142253005 0.268039762 0.252915088 0.373242276 0.645280718 0.268131424
#> [553] 0.080876716 0.079513621 0.177051131 0.279897028 0.137093003 0.086645994
#> [559] 0.113434037 0.364997832 0.204337276 0.289496115 0.168474147 0.128127772
#> [565] 0.404362095 0.295271043 0.199476635 0.227721399 0.232839525 0.126744796
#> [571] 0.066248142 0.148228439 0.105153137 0.352467931 0.133378347 0.170303220
#> [577] 0.181691253 0.208790739 0.075378486 0.067883630 0.029304047 0.097470711
#> [583] 0.339110151 0.122135650 0.065052793 0.061779236 0.610995957 0.639748619
#> [589] 0.022334423 0.174238023 0.207371872 0.069543130 0.192127740 0.127419658
#> [595] 0.197979674 0.205528417 0.184132365 0.603744225 0.156398180 0.600156255
#> [601] 0.162142170 0.371855276 0.208582633 0.257580815 0.081799733 0.070800258
#> [607] 0.203629083 0.520095261 0.446046499 0.457175353 0.112822320 0.057991634
#> [613] 0.121225553 0.152440073 0.163596993 0.291153016 0.232083825 0.151310545
#> [619] 0.189309050 0.144389936 0.270579529 0.180857641 0.209741992 0.166512987
#> [625] 0.121879055 0.103827632 0.193523448 0.168921811 0.205301025 0.065467703
#> [631] 0.118991040 0.091638769 0.069324520 0.123116274 0.495349450 0.141999185
#> [637] 0.243853139 0.222217361 0.097280608 0.200981624 0.226349919 0.079279054
#> [643] 0.257677939 0.172213102 0.183166790 0.106646613 0.230449538 0.274284166
#> [649] 0.578714426 0.063132356 0.397558969 0.228119610 0.453887942 0.148557974
#> [655] 0.331152307 0.204541754 0.208668399 0.599077545 0.136125851 0.392637907
#> [661] 0.213196049 0.327764281 0.289167357 0.114895946 0.299263277 0.118189205
#> [667] 0.190843767 0.059445390 0.335481707 0.208292648 0.203831595 0.472201949
#> [673] 0.343454826 0.219099347 0.159597745 0.090976456 0.217249764 0.334212205
#> [679] 0.170834420 0.392508377 0.250567386 0.207291636 0.137850145 0.372795194
#> [685] 0.173499330 0.395582226 0.068625228 0.075345864 0.138396185 0.051737117
#> [691] 0.094574424 0.105088402 0.054383232 0.388043289 0.306223727 0.102881531
#> [697] 0.222836233 0.205792625 0.117331858 0.495621194 0.203273087 0.265417863
#> [703] 0.096893413 0.015636431 0.409372574 0.302403916 0.273687236 0.281396577
#> [709] 0.282278828 0.311379017 0.117281820 0.058826030 0.230853394 0.170403161
#> [715] 0.179721478 0.111740737 0.162981979 0.301954023 0.368984537 0.101830484
#> [721] 0.233517705 0.121989214 0.433668769 0.294674079 0.158850829 0.178537085
#> [727] 0.181914471 0.104714922 0.212938341 0.530482929 0.555221696 0.115015216
#> [733] 0.347203854 0.492319418 0.137328552 0.060426186 0.127123338 0.070091367
#> [739] 0.074445562 0.107528253 0.313984380 0.165308429 0.053778965 0.066998240
#> [745] 0.119800817 0.088138112 0.073191499 0.441281208 0.272072042 0.169091644
#> [751] 0.233737567 0.176027214 0.564239389 0.220669405 0.406217739 0.203287385
#> [757] 0.063784125 0.107992166 0.444280700 0.068785135 0.643171757 0.121088998
#> [763] 0.144939612 0.225220161 0.440711461 0.488435648 0.316298321 0.462154805
#> [769] 0.181742082 0.228256099 0.283495463 0.157922189 0.073507659 0.182146369
#> [775] 0.294081727 0.291477185 0.438411103 0.298498984 0.142293373 0.235136770
#> [781] 0.222612256 0.265778576 0.245455358 0.433785657 0.171779711 0.134409146
#> [787] 0.087283182 0.065452267 0.509767686 0.131267016 0.262537831 0.302327426
#> [793] 0.203022428 0.281830591 0.187297787 0.301792325 0.161383470 0.111739393
#> [799] 0.081728555 0.314350755 0.235303231 0.259620584 0.243397275 0.077552676
#> [805] 0.292662794 0.178982372 0.289283268 0.354428359 0.217436393 0.027704166
#> [811] 0.056801455 0.213717418 0.151670037 0.389310012 0.275037929 0.225555861
#> [817] 0.283485686 0.328436541 0.139202483 0.138623712 0.328906602 0.235227493
#> [823] 0.370279405 0.119760123 0.134263572 0.162641580 0.489110985 0.398974007
#> [829] 0.283849505 0.288997879 0.196517912 0.045302391 0.263286266 0.134256310
#> [835] 0.592564748 0.070384770 0.289492746 0.067056608 0.059283387 0.373342331
#> [841] 0.186136299 0.272792258 0.324302409 0.396011067 0.244016326 0.108221911
#> [847] 0.319591632 0.432598647 0.232320312 0.177265839 0.084672573 0.335601586
#> [853] 0.265567859 0.543036182 0.122180204 0.084191596 0.064513685 0.428217136
#> [859] 0.172902921 0.206516511 0.229826422 0.395263435 0.355723229 0.109327362
#> [865] 0.427495563 0.149834401 0.327293928 0.194471659 0.147306384 0.120368264
#> [871] 0.241344162 0.212092473 0.247447824 0.268805374 0.162775366 0.118117376
#> [877] 0.142981644 0.042977238 0.268438986 0.169431445 0.503268571 0.457684700
#> [883] 0.077420688 0.093006662 0.329789786 0.503424177 0.368357703 0.406035311
#> [889] 0.367991006 0.471495373 0.211748967 0.203494810 0.077823965 0.102089070
#> [895] 0.332145936 0.102710511 0.085877604 0.111395849 0.129524077 0.401435289
#> [901] 0.342041430 0.401294181 0.354081113 0.417514113 0.491356036 0.449490120
#> [907] 0.386135036 0.115016116 0.177198107 0.491431081 0.290969561 0.260044666
#> [913] 0.210206733 0.364625373 0.053506688 0.254244015 0.068763462 0.124434091
#> [919] 0.183439783 0.211846601 0.145829437 0.026225170 0.172585759 0.141875946
#> [925] 0.191786384 0.184338957 0.170994971 0.107226275 0.339787237 0.334432612
#> [931] 0.331973066 0.113822376 0.057675837 0.552861092 0.191483082 0.120998301
#> [937] 0.228207902 0.410866203 0.333092368 0.296003168 0.135671285 0.052978540
#> [943] 0.176894312 0.271884831 0.035148520 0.034142121 0.381680295 0.249740402
#> [949] 0.500495383 0.084719820 0.216592224 0.389856028 0.550293032 0.137995633
#> [955] 0.362526080 0.251705431 0.052663323 0.504241062 0.160334556 0.206227333
#> [961] 0.094702316 0.027417138 0.020073341 0.123977607 0.294209738 0.084576356
#> [967] 0.447611507 0.218158007 0.227953766 0.059704283 0.158647914 0.200133852
#> [973] 0.070959321 0.249611791 0.338606222 0.351891188 0.219602027 0.262287977
#> [979] 0.130179080 0.152928766 0.159230050 0.204012631 0.108334682 0.090537229
#> [985] 0.400249428 0.240659351 0.252803475 0.363421610 0.536997169 0.047375718
#> [991] 0.046332281 0.180472103 0.082310055 0.122723816 0.286488649 0.238623927
#> [997] 0.028074064 0.127498580 0.429380717 0.054721362