Getting the Prob Function for a Given Model Type

A function that returns a prob() function that computes the toxicity probabilities for a given dose level, based on the model specific parameters.

Usage

probFunction(model, ...)

# S4 method for GeneralModel
probFunction(model, ...)

# S4 method for ModelTox
probFunction(model, ...)

# S4 method for LogisticLogNormalOrdinal
probFunction(model, grade, ...)

Arguments

model: (GeneralModel or ModelTox)
the model.
...: model specific parameters.
grade: (integer)
the toxicity grade for which the dose function is required

Value

A prob() function that computes toxicity probabilities.

Functions

probFunction(GeneralModel):
probFunction(ModelTox):
probFunction(LogisticLogNormalOrdinal):

Examples

my_model <- LogisticLogNormal(
  mean = c(-0.85, 1),
  cov = matrix(c(1, -0.5, -0.5, 1), nrow = 2),
  ref_dose = 50
)

prob_fun <- probFunction(my_model, alpha0 = 2, alpha1 = 3)
prob_fun(30)
#> [1] 0.6147973
ordinal_data <- .DefaultDataOrdinal()
ordinal_model <- .DefaultLogisticLogNormalOrdinal()
opts <- .DefaultMcmcOptions()
samples <- mcmc(ordinal_data, ordinal_model, opts)
#> Warning: Unused variable "y" in data

probFunction(
  ordinal_model,
  grade = 2L,
  alpha2 = samples@data$alpha1,
  beta = samples@data$beta
)(50)
#>    [1] 0.443795197 0.373036064 0.406963540 0.129353431 0.336974909 0.332680351
#>    [7] 0.140592472 0.106675659 0.217571024 0.146748235 0.326272713 0.235720476
#>   [13] 0.348907337 0.143517830 0.463084502 0.300512519 0.164192227 0.170284509
#>   [19] 0.158424111 0.301210772 0.131169988 0.525064708 0.328995690 0.492318973
#>   [25] 0.090937469 0.283705156 0.208020845 0.154851790 0.135472964 0.312061519
#>   [31] 0.326022039 0.357783656 0.434668915 0.216500360 0.204981572 0.279593837
#>   [37] 0.150377928 0.127778739 0.062523309 0.235312085 0.253978415 0.250323957
#>   [43] 0.287637879 0.217213835 0.287724677 0.237509543 0.413197268 0.041993761
#>   [49] 0.012449356 0.157217654 0.224385176 0.336638600 0.106883251 0.064390184
#>   [55] 0.283727233 0.359749571 0.208171040 0.242240732 0.269586635 0.441764277
#>   [61] 0.322031037 0.169196041 0.091947953 0.046787001 0.303980470 0.379480206
#>   [67] 0.203634857 0.256988340 0.304761336 0.190157868 0.093171198 0.090144941
#>   [73] 0.165877603 0.070672687 0.059389524 0.115380457 0.268610910 0.239832290
#>   [79] 0.455299777 0.238120640 0.345527192 0.046020595 0.165594033 0.095575407
#>   [85] 0.350837591 0.218080629 0.200641102 0.109558619 0.158682755 0.085068633
#>   [91] 0.059511325 0.131283018 0.274311635 0.254119827 0.329000341 0.331716625
#>   [97] 0.151253022 0.361107567 0.356171426 0.290553309 0.371268715 0.277438211
#>  [103] 0.113623618 0.183932479 0.288264526 0.047940273 0.045478571 0.102532029
#>  [109] 0.141635110 0.194053021 0.123387924 0.113060482 0.178392993 0.185122892
#>  [115] 0.318410663 0.118475871 0.307946616 0.085523028 0.183772479 0.201682341
#>  [121] 0.105517720 0.167784002 0.178831246 0.063792306 0.410207887 0.205006912
#>  [127] 0.271253620 0.335496543 0.182263659 0.193341030 0.128060659 0.140226704
#>  [133] 0.198300779 0.187537019 0.118687676 0.152143947 0.108595226 0.259696879
#>  [139] 0.347178409 0.112330062 0.112536140 0.086280583 0.059863297 0.117811948
#>  [145] 0.027767976 0.103652251 0.268778465 0.146160565 0.326170797 0.665072073
#>  [151] 0.439678228 0.159969327 0.229375074 0.344550768 0.299222452 0.250090306
#>  [157] 0.146889848 0.105236300 0.492310243 0.483831876 0.041127788 0.468837092
#>  [163] 0.643886827 0.124098453 0.414016704 0.240640821 0.221749560 0.153305824
#>  [169] 0.103429043 0.419042992 0.258412157 0.065374648 0.122492729 0.155673596
#>  [175] 0.420305602 0.376992208 0.386574784 0.321357027 0.390132029 0.365785298
#>  [181] 0.172563203 0.117441772 0.129413879 0.309706271 0.469507632 0.156204578
#>  [187] 0.023408332 0.189206227 0.125768123 0.479183637 0.076555228 0.159514854
#>  [193] 0.448055192 0.135564599 0.086925893 0.505263941 0.505223064 0.320174825
#>  [199] 0.369804086 0.155490351 0.290768388 0.242974589 0.283311804 0.383481473
#>  [205] 0.143061452 0.394626651 0.376398844 0.408335150 0.183211892 0.025410124
#>  [211] 0.005080143 0.012984471 0.201303951 0.232448119 0.233651442 0.086896875
#>  [217] 0.112335041 0.071588423 0.114441939 0.481117757 0.321863583 0.325024911
#>  [223] 0.061187486 0.135589613 0.489860867 0.097479682 0.099977640 0.059696096
#>  [229] 0.127332727 0.040144202 0.207395400 0.226665777 0.241088590 0.352037963
#>  [235] 0.337415191 0.539170772 0.189425534 0.156251213 0.408680974 0.186596199
#>  [241] 0.199774881 0.158719480 0.374236464 0.239407806 0.279129647 0.221827887
#>  [247] 0.203926232 0.184866843 0.338990618 0.349561703 0.222321383 0.040102375
#>  [253] 0.209942868 0.247579243 0.305577977 0.570510662 0.467928105 0.086843217
#>  [259] 0.116918271 0.508888625 0.203456083 0.551476978 0.308230866 0.141108580
#>  [265] 0.337113915 0.205548704 0.397325737 0.180842732 0.242052736 0.490020630
#>  [271] 0.077461970 0.075672472 0.241344797 0.294524134 0.378654353 0.397866266
#>  [277] 0.277588118 0.247579420 0.312680781 0.385740067 0.183197548 0.147015804
#>  [283] 0.243550825 0.432427696 0.421507707 0.434842741 0.259053629 0.391742895
#>  [289] 0.483661557 0.170233130 0.262239756 0.127082162 0.201196095 0.092336879
#>  [295] 0.354181782 0.351267375 0.295602928 0.611780604 0.206852203 0.070887054
#>  [301] 0.366604050 0.505638412 0.181479334 0.137404487 0.175758246 0.046653496
#>  [307] 0.443518307 0.254548463 0.180345016 0.547378016 0.141657235 0.151412836
#>  [313] 0.333017592 0.247662055 0.253520667 0.156014964 0.296750120 0.340729497
#>  [319] 0.258627406 0.218957725 0.271273757 0.148855576 0.037672491 0.169638904
#>  [325] 0.329530904 0.290207555 0.173923753 0.306565389 0.301378081 0.165866032
#>  [331] 0.345171760 0.299282906 0.312967592 0.220808117 0.238217325 0.082576926
#>  [337] 0.297825738 0.140175977 0.383576008 0.377137183 0.775306966 0.246389882
#>  [343] 0.430311716 0.329387013 0.115085207 0.011566297 0.004110725 0.084383698
#>  [349] 0.110803655 0.151232901 0.543936389 0.315554567 0.518798892 0.124173888
#>  [355] 0.103330755 0.163299925 0.458219369 0.095022160 0.105858326 0.078173574
#>  [361] 0.167119775 0.460992346 0.104259366 0.739684957 0.167214674 0.449484411
#>  [367] 0.221964758 0.342849028 0.279920149 0.125054949 0.251179220 0.451901649
#>  [373] 0.516690192 0.497825331 0.304285106 0.244729339 0.351204944 0.089696035
#>  [379] 0.342919977 0.194794364 0.141224426 0.275477619 0.175763245 0.326573815
#>  [385] 0.109125931 0.571818535 0.527284278 0.081918352 0.151100984 0.085939167
#>  [391] 0.184713725 0.062167838 0.076272263 0.174037891 0.125720813 0.298590274
#>  [397] 0.161946661 0.232236668 0.250722019 0.234327579 0.120393350 0.121995255
#>  [403] 0.049049406 0.043858599 0.196748674 0.274767689 0.141963370 0.102230786
#>  [409] 0.180801128 0.095923339 0.163863410 0.178533540 0.100654457 0.098822889
#>  [415] 0.298543543 0.351947550 0.180489056 0.326846011 0.186862020 0.083116409
#>  [421] 0.095679339 0.215829533 0.395070386 0.082710205 0.367691957 0.383943606
#>  [427] 0.113672158 0.294782011 0.238370688 0.311643349 0.184829772 0.099623027
#>  [433] 0.319392414 0.324394475 0.360519115 0.348006698 0.225591731 0.226862082
#>  [439] 0.220927341 0.357593062 0.139436403 0.160787613 0.277411768 0.044934675
#>  [445] 0.161843979 0.288384518 0.213950103 0.198520556 0.204004871 0.613656992
#>  [451] 0.314285506 0.302198657 0.147303477 0.356831669 0.198323219 0.153155150
#>  [457] 0.246968686 0.145933642 0.472934860 0.159225462 0.135645470 0.375062327
#>  [463] 0.294771172 0.620107364 0.366314498 0.190068848 0.193384192 0.215157635
#>  [469] 0.306444451 0.405591831 0.193239701 0.262948738 0.224939004 0.432709571
#>  [475] 0.087570095 0.120905782 0.074518495 0.117030822 0.166155416 0.173036865
#>  [481] 0.254995708 0.436942613 0.229514033 0.300266927 0.351613612 0.057180010
#>  [487] 0.049535807 0.029510351 0.203932142 0.181927721 0.276624450 0.212010990
#>  [493] 0.448903804 0.506400169 0.484274236 0.201664693 0.199213616 0.223014173
#>  [499] 0.248396652 0.469780885 0.710617583 0.424152463 0.142934538 0.505470449
#>  [505] 0.090868450 0.302761556 0.100813523 0.336055260 0.285857064 0.064808111
#>  [511] 0.241876981 0.205398193 0.463192599 0.202919917 0.074328071 0.116159885
#>  [517] 0.308821704 0.358404180 0.511290826 0.445437892 0.097598900 0.137332227
#>  [523] 0.437008855 0.131928581 0.341067405 0.338304722 0.208769080 0.019774091
#>  [529] 0.037213407 0.026888504 0.060493128 0.042712790 0.327857086 0.218694607
#>  [535] 0.252046406 0.316262217 0.189365503 0.218812142 0.272045634 0.150540335
#>  [541] 0.427891769 0.368957954 0.337641250 0.099887411 0.392494460 0.438308114
#>  [547] 0.097177658 0.064741697 0.301892175 0.376277111 0.165879248 0.192108858
#>  [553] 0.242276903 0.216468222 0.284061102 0.122506784 0.095747482 0.321682957
#>  [559] 0.100383543 0.293625251 0.186463248 0.114175935 0.163809128 0.167543537
#>  [565] 0.136046850 0.098220257 0.418504992 0.272179725 0.171495150 0.009387191
#>  [571] 0.183117467 0.208880402 0.093590302 0.099841017 0.517988996 0.117316642
#>  [577] 0.469444330 0.486835475 0.264821393 0.376849277 0.678267299 0.156722804
#>  [583] 0.549733449 0.331546109 0.388275739 0.029861048 0.068736109 0.522302634
#>  [589] 0.293602009 0.256600727 0.062982909 0.153516702 0.370294782 0.176079941
#>  [595] 0.261973995 0.183904104 0.412818798 0.117495867 0.205430131 0.185274755
#>  [601] 0.353737025 0.309219305 0.099284410 0.167250281 0.429956755 0.195097336
#>  [607] 0.160198266 0.264471335 0.375483411 0.217144729 0.088058262 0.183764440
#>  [613] 0.207649250 0.230992283 0.122359617 0.182348971 0.065203744 0.241943466
#>  [619] 0.289801246 0.259385009 0.399657703 0.207075634 0.288489123 0.490420539
#>  [625] 0.392020598 0.246909268 0.283609809 0.050139206 0.034880487 0.182889722
#>  [631] 0.121743547 0.083325680 0.346190299 0.183140394 0.206742511 0.154634867
#>  [637] 0.056147544 0.324965127 0.261890165 0.651180978 0.285434381 0.066483998
#>  [643] 0.201770707 0.244486222 0.321661591 0.457067693 0.297607436 0.356233772
#>  [649] 0.399956510 0.376501840 0.152606726 0.186205798 0.281093937 0.159909019
#>  [655] 0.341311706 0.194514819 0.533389603 0.505486204 0.416787756 0.249636988
#>  [661] 0.250673714 0.047706677 0.344199546 0.244772219 0.216232793 0.182182505
#>  [667] 0.473910785 0.251641251 0.260388437 0.055206419 0.018526204 0.073177592
#>  [673] 0.369265469 0.227911529 0.199251381 0.263404710 0.166466186 0.332507521
#>  [679] 0.095691058 0.168293712 0.216934515 0.148067810 0.300179008 0.390384032
#>  [685] 0.174218872 0.424817580 0.430273568 0.420802021 0.027124780 0.119756969
#>  [691] 0.319526526 0.322267053 0.272099840 0.357594191 0.448659011 0.460070004
#>  [697] 0.543841688 0.286920126 0.229474538 0.144975471 0.692828468 0.424493567
#>  [703] 0.104229376 0.065625301 0.047200990 0.128074899 0.285444327 0.269829724
#>  [709] 0.629994591 0.145708616 0.320563675 0.111554508 0.103619904 0.182249775
#>  [715] 0.154126992 0.166808721 0.117624108 0.169368518 0.308195197 0.057547064
#>  [721] 0.328501999 0.463108934 0.254061797 0.113812715 0.546953568 0.291504791
#>  [727] 0.130522585 0.622544568 0.706765413 0.298221088 0.043533828 0.291247749
#>  [733] 0.032721582 0.086920164 0.129689232 0.083987482 0.051080408 0.142378765
#>  [739] 0.058173499 0.237738512 0.235817094 0.325291745 0.060091448 0.150113099
#>  [745] 0.045351578 0.140666732 0.048157409 0.059809984 0.035229154 0.126345502
#>  [751] 0.181590430 0.181242698 0.133343906 0.189963008 0.285325948 0.357301945
#>  [757] 0.134545261 0.416260661 0.357452331 0.371179910 0.248538462 0.179721021
#>  [763] 0.016332450 0.494674839 0.174649381 0.304604008 0.345313965 0.236833133
#>  [769] 0.335386982 0.036518852 0.153695336 0.152632476 0.210430770 0.098734030
#>  [775] 0.326864827 0.315143512 0.273168409 0.327476980 0.290446568 0.287394000
#>  [781] 0.232778553 0.190426543 0.163828087 0.501386419 0.257492499 0.149239326
#>  [787] 0.357210462 0.426293510 0.515332944 0.677088578 0.141139568 0.357316578
#>  [793] 0.597557006 0.195997036 0.208603883 0.275372034 0.492684389 0.193339360
#>  [799] 0.211318202 0.228817860 0.108335449 0.417276860 0.143993193 0.513419613
#>  [805] 0.389378932 0.214191574 0.223188997 0.516776048 0.444536820 0.124029423
#>  [811] 0.221820148 0.225239060 0.121539157 0.411060869 0.329686564 0.353797129
#>  [817] 0.059797658 0.366109805 0.103943557 0.151611259 0.159690619 0.151275126
#>  [823] 0.193336775 0.222409977 0.285307675 0.412630559 0.260305012 0.539699589
#>  [829] 0.147129892 0.503413359 0.182808767 0.066734268 0.227853987 0.173451003
#>  [835] 0.448442317 0.054267517 0.050858811 0.161807318 0.067800535 0.394877556
#>  [841] 0.285221561 0.196022547 0.333043654 0.095177245 0.261245954 0.132421781
#>  [847] 0.097966600 0.084811558 0.136111431 0.159218568 0.178633920 0.166037785
#>  [853] 0.156051171 0.329585584 0.152558308 0.275764546 0.210422190 0.270816285
#>  [859] 0.195053944 0.246661583 0.410555451 0.018230445 0.080870403 0.288758545
#>  [865] 0.293820138 0.056562999 0.187794713 0.327800923 0.162939141 0.269713290
#>  [871] 0.382794722 0.167524474 0.080247338 0.174637941 0.266579399 0.481531229
#>  [877] 0.440618165 0.160074121 0.303385565 0.198191314 0.573025386 0.041690127
#>  [883] 0.230334182 0.239651064 0.243889953 0.420323462 0.452639608 0.446899224
#>  [889] 0.105156925 0.303874901 0.058172257 0.354422073 0.357341918 0.364229364
#>  [895] 0.121561394 0.208421093 0.321093590 0.560994872 0.447750499 0.082891179
#>  [901] 0.019177342 0.182653015 0.072552541 0.219194650 0.148454878 0.114706787
#>  [907] 0.519125646 0.087095335 0.046272435 0.091251685 0.071051736 0.369342001
#>  [913] 0.257522438 0.068790898 0.111895474 0.166457172 0.254783870 0.181035880
#>  [919] 0.339481191 0.335734092 0.549025690 0.324068054 0.432092154 0.224555705
#>  [925] 0.328388434 0.168569187 0.476036945 0.175505281 0.324445874 0.043280113
#>  [931] 0.375673215 0.057970662 0.340288711 0.327391745 0.628340277 0.076768104
#>  [937] 0.291798542 0.214579482 0.353605716 0.201429519 0.466152791 0.352308079
#>  [943] 0.196505642 0.197197656 0.334360609 0.197218295 0.205765566 0.076922454
#>  [949] 0.069743197 0.047139312 0.319614959 0.401843080 0.188883820 0.253255779
#>  [955] 0.288803025 0.223934255 0.200006041 0.115833750 0.112784159 0.011573001
#>  [961] 0.064677661 0.162679310 0.093923795 0.176743423 0.203461086 0.374011043
#>  [967] 0.143044617 0.126454263 0.123036739 0.229569611 0.278285428 0.188100324
#>  [973] 0.297535436 0.258928943 0.193921946 0.237468484 0.147199713 0.205973517
#>  [979] 0.179695523 0.330166147 0.156438998 0.161030842 0.235498920 0.122952990
#>  [985] 0.320518010 0.288592350 0.580516120 0.377995492 0.322814656 0.240494308
#>  [991] 0.206396511 0.311629089 0.466429033 0.354794709 0.152365380 0.151906283
#>  [997] 0.088030410 0.072385255 0.076609496 0.229167106