![[Experimental]](figures/lifecycle-experimental.svg)
A function that returns a prob() function that computes the toxicity
probabilities for a given dose level, based on the model specific parameters.
Usage
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'GeneralModel'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'ModelTox'
probFunction(model, ...)
# S4 method for class 'LogisticLogNormalOrdinal'
probFunction(model, grade, ...)Value
A prob() function that computes toxicity probabilities.
Functions
probFunction(GeneralModel):probFunction(ModelTox):probFunction(LogisticLogNormalOrdinal):
Examples
my_model <- LogisticLogNormal(
mean = c(-0.85, 1),
cov = matrix(c(1, -0.5, -0.5, 1), nrow = 2),
ref_dose = 50
)
prob_fun <- probFunction(my_model, alpha0 = 2, alpha1 = 3)
prob_fun(30)
#> [1] 0.6147973
ordinal_data <- .DefaultDataOrdinal()
ordinal_model <- .DefaultLogisticLogNormalOrdinal()
opts <- .DefaultMcmcOptions()
samples <- mcmc(ordinal_data, ordinal_model, opts)
#> Warning: Unused variable "y" in data
probFunction(
ordinal_model,
grade = 2L,
alpha2 = samples@data$alpha1,
beta = samples@data$beta
)(50)
#> [1] 0.27058373 0.32434817 0.31497672 0.21802347 0.40159105 0.16025185
#> [7] 0.27055099 0.08091834 0.16155832 0.25529619 0.20680673 0.34124571
#> [13] 0.35813657 0.18293253 0.26987705 0.26042513 0.03800969 0.20978124
#> [19] 0.29032217 0.46494578 0.20428265 0.21491625 0.36834895 0.10922410
#> [25] 0.16948701 0.29483955 0.04192513 0.32172561 0.53343050 0.15754177
#> [31] 0.27447698 0.30486477 0.22736051 0.29622780 0.23280782 0.09801033
#> [37] 0.26969919 0.32090052 0.45983265 0.33445975 0.05000601 0.07517190
#> [43] 0.14885637 0.11898709 0.05257355 0.15765024 0.17966599 0.09475537
#> [49] 0.29983403 0.32630448 0.24537809 0.31550804 0.11714387 0.06297396
#> [55] 0.18225977 0.12542917 0.13140370 0.12367058 0.12477664 0.14523920
#> [61] 0.11409207 0.50568276 0.17006817 0.29610497 0.25532871 0.13765976
#> [67] 0.29619458 0.05979511 0.06873651 0.05376868 0.07046679 0.03563524
#> [73] 0.35587225 0.12686781 0.14562645 0.07574515 0.10993842 0.04533543
#> [79] 0.05937641 0.10029461 0.05683216 0.07306804 0.15269784 0.11410236
#> [85] 0.61739446 0.14587931 0.56199604 0.66164029 0.26309678 0.20321087
#> [91] 0.15268826 0.26557384 0.34202854 0.29002949 0.39707832 0.16784968
#> [97] 0.44068692 0.25028776 0.19386187 0.04724961 0.11892944 0.48501326
#> [103] 0.18540695 0.30172456 0.14933913 0.08161831 0.21892779 0.10569296
#> [109] 0.20266317 0.20637899 0.15003265 0.10704292 0.39818096 0.11555481
#> [115] 0.13205765 0.12190652 0.46170501 0.08235521 0.33379759 0.09420564
#> [121] 0.21388499 0.53422604 0.25924662 0.33970563 0.09215292 0.16774775
#> [127] 0.31901627 0.33480819 0.39426950 0.20970650 0.37197915 0.14665310
#> [133] 0.06863423 0.16445756 0.15048902 0.25986345 0.28234140 0.11773652
#> [139] 0.25509801 0.35833119 0.23525652 0.33401486 0.18999233 0.31977625
#> [145] 0.27460617 0.33712089 0.20682807 0.36989209 0.10580327 0.49507400
#> [151] 0.18947312 0.29947290 0.23377092 0.46635494 0.33243572 0.18268995
#> [157] 0.23565100 0.28800694 0.01924515 0.02034244 0.24143140 0.44454542
#> [163] 0.45845804 0.22604854 0.21585846 0.29912724 0.24936570 0.11805065
#> [169] 0.18832172 0.18080895 0.39710528 0.11319092 0.28302720 0.24023173
#> [175] 0.20406992 0.73693723 0.28863980 0.39259027 0.56270992 0.49041633
#> [181] 0.20692462 0.19030354 0.24969540 0.23544787 0.25395346 0.21137651
#> [187] 0.19983150 0.11803682 0.16588299 0.17981406 0.30929896 0.51355496
#> [193] 0.57251916 0.37390322 0.10614649 0.56294327 0.16860770 0.38114674
#> [199] 0.44043697 0.20416825 0.29777502 0.20834724 0.21472172 0.31198202
#> [205] 0.22868210 0.15926850 0.10599416 0.05996524 0.09046143 0.31274766
#> [211] 0.22204957 0.35745138 0.41602868 0.42648284 0.43135065 0.13076243
#> [217] 0.19609202 0.26817428 0.28958551 0.16726822 0.47769007 0.51403905
#> [223] 0.28095209 0.44722644 0.29985950 0.31365329 0.21342340 0.05402982
#> [229] 0.05270360 0.15145166 0.40707025 0.31201287 0.28194576 0.60265300
#> [235] 0.33450150 0.35578942 0.50273707 0.24009034 0.21537449 0.22926052
#> [241] 0.24818941 0.08262851 0.05754694 0.11705926 0.36340875 0.36430184
#> [247] 0.18371832 0.09950320 0.04156613 0.13224740 0.30307389 0.13542526
#> [253] 0.06594348 0.40224008 0.19548139 0.14622437 0.37314274 0.38552891
#> [259] 0.15241477 0.14970622 0.31269019 0.53562999 0.27304142 0.35144936
#> [265] 0.30419847 0.31486414 0.31235115 0.23379812 0.23572320 0.11486997
#> [271] 0.12127257 0.13375616 0.23000832 0.54651592 0.09650982 0.36877867
#> [277] 0.29561124 0.81955827 0.45642677 0.22237065 0.25743264 0.22362949
#> [283] 0.26169938 0.07439305 0.15016304 0.04404441 0.18455655 0.06381937
#> [289] 0.10647281 0.21923725 0.24993594 0.16043617 0.30508814 0.27464049
#> [295] 0.15546372 0.33538746 0.36306926 0.21178638 0.03903080 0.11983217
#> [301] 0.11795582 0.04555975 0.04579457 0.09285283 0.19409325 0.18883132
#> [307] 0.05801827 0.04939549 0.30401796 0.25650123 0.19628854 0.25388476
#> [313] 0.07585223 0.06931791 0.08953972 0.19261911 0.03895694 0.18058162
#> [319] 0.22912194 0.15368463 0.25077937 0.17174461 0.28336228 0.34974452
#> [325] 0.66349767 0.50045504 0.36604538 0.17631583 0.03970659 0.24225599
#> [331] 0.06481490 0.45114046 0.27342812 0.30690899 0.16436599 0.18743229
#> [337] 0.35289126 0.60213278 0.38822003 0.10863985 0.33182066 0.08972558
#> [343] 0.55221076 0.17995793 0.11810615 0.10446270 0.24211149 0.21517250
#> [349] 0.42116848 0.33006808 0.36675890 0.22569622 0.47909495 0.50785691
#> [355] 0.44315755 0.20852439 0.22921805 0.37871215 0.11561482 0.48487622
#> [361] 0.10257650 0.30385848 0.38511929 0.18810920 0.23940881 0.56523909
#> [367] 0.48771792 0.23234279 0.20526945 0.28564562 0.30036811 0.11838371
#> [373] 0.26152937 0.39497232 0.20507449 0.06360229 0.25152247 0.23274451
#> [379] 0.25604919 0.43866115 0.22058768 0.21833796 0.33491729 0.39891683
#> [385] 0.27535872 0.06607533 0.33365202 0.25622463 0.17352757 0.10289804
#> [391] 0.29051313 0.22217296 0.07921963 0.23417221 0.25979997 0.13083793
#> [397] 0.16811805 0.08090381 0.33136423 0.14153091 0.12971131 0.07572888
#> [403] 0.10106794 0.29947215 0.32372839 0.21883134 0.39663321 0.19490005
#> [409] 0.15349172 0.09182805 0.13603627 0.32262827 0.31506559 0.20414084
#> [415] 0.15674738 0.18535676 0.22032833 0.17491822 0.14222183 0.13973121
#> [421] 0.47430671 0.07429000 0.07775370 0.33761110 0.23625948 0.12063132
#> [427] 0.35401711 0.20268737 0.22772332 0.34810179 0.16179920 0.44882407
#> [433] 0.07441506 0.16790869 0.23793786 0.10501854 0.08753597 0.45430016
#> [439] 0.03024640 0.03392741 0.20711970 0.37899513 0.29984648 0.25026580
#> [445] 0.04377526 0.06188089 0.07173586 0.29013991 0.49271855 0.43379937
#> [451] 0.17561324 0.30261706 0.26128707 0.21019783 0.18961987 0.16823045
#> [457] 0.07556193 0.05717472 0.01675072 0.26707170 0.59939202 0.24624779
#> [463] 0.20436944 0.38761852 0.25720480 0.13081565 0.08708731 0.33129922
#> [469] 0.23440716 0.29223821 0.10717593 0.22634609 0.05526729 0.46726043
#> [475] 0.16056705 0.05745509 0.02025811 0.12307295 0.19268489 0.27338298
#> [481] 0.36799257 0.30970263 0.08753543 0.12407355 0.09193999 0.17188442
#> [487] 0.23034151 0.30172040 0.28298806 0.34667485 0.56887346 0.30687087
#> [493] 0.07848372 0.08699910 0.33964902 0.02138935 0.24160193 0.48910508
#> [499] 0.06270274 0.08775991 0.27813122 0.43668276 0.18805977 0.10223202
#> [505] 0.24838547 0.18995736 0.26586561 0.19101040 0.38902429 0.22002420
#> [511] 0.05792986 0.08594695 0.53659251 0.32174499 0.43352063 0.07861060
#> [517] 0.20900167 0.09969755 0.34442574 0.26479929 0.13240906 0.27630083
#> [523] 0.15171813 0.09358086 0.61204868 0.58853591 0.17044415 0.12968431
#> [529] 0.11041625 0.45778747 0.22327954 0.30184316 0.05311246 0.24145832
#> [535] 0.05274243 0.53946493 0.48866053 0.10963960 0.26740993 0.37395715
#> [541] 0.36495081 0.44048553 0.33299795 0.37131501 0.37426897 0.20041774
#> [547] 0.26962527 0.21996230 0.18969660 0.28398303 0.09300730 0.09429456
#> [553] 0.18317927 0.45422123 0.13807682 0.09490598 0.26576300 0.31113619
#> [559] 0.06671233 0.11353036 0.49830157 0.18426042 0.08004362 0.07717360
#> [565] 0.16648534 0.23424880 0.36100254 0.31841422 0.27906307 0.45777587
#> [571] 0.08865479 0.20608364 0.11895236 0.29362982 0.19798106 0.40914112
#> [577] 0.23691579 0.27140544 0.28666174 0.09839876 0.25989111 0.06274051
#> [583] 0.10428838 0.15726863 0.15269218 0.41446190 0.11298405 0.05234333
#> [589] 0.09692101 0.30979761 0.26610749 0.29293562 0.27657302 0.17666791
#> [595] 0.28648427 0.21657924 0.31644674 0.19870375 0.27870741 0.40292009
#> [601] 0.18769208 0.37155687 0.49908892 0.18664455 0.22481312 0.26097444
#> [607] 0.11367082 0.14155803 0.27186191 0.56489604 0.18180702 0.27647012
#> [613] 0.36198204 0.52491643 0.34637583 0.03347759 0.05553944 0.02953565
#> [619] 0.04336552 0.07396350 0.15338125 0.34106209 0.23505544 0.15717903
#> [625] 0.13370817 0.18851070 0.30435252 0.30728704 0.08127769 0.12020263
#> [631] 0.43670777 0.28879654 0.46121784 0.40966914 0.12183694 0.30512313
#> [637] 0.07119134 0.31294968 0.24432795 0.10375583 0.36330915 0.19027100
#> [643] 0.28294055 0.19438952 0.39532613 0.34168252 0.12011997 0.05867600
#> [649] 0.20437097 0.25532640 0.07204896 0.06455587 0.44186523 0.19518813
#> [655] 0.13231464 0.27527404 0.21294044 0.28632307 0.08734586 0.57874235
#> [661] 0.55820457 0.08487644 0.19690880 0.18220195 0.14179570 0.37263587
#> [667] 0.23360304 0.13701718 0.34577212 0.37125923 0.17747734 0.43435286
#> [673] 0.10097132 0.17507362 0.19687681 0.35732510 0.37090665 0.19130658
#> [679] 0.13172840 0.16887611 0.24504036 0.33133655 0.36469953 0.21377992
#> [685] 0.27128568 0.06822273 0.10388874 0.12283298 0.43741801 0.31852100
#> [691] 0.22481080 0.24025888 0.12006255 0.06098473 0.15705136 0.25876418
#> [697] 0.08486514 0.29342653 0.42453518 0.30515900 0.30691107 0.31768730
#> [703] 0.06232570 0.22259563 0.26942464 0.12144303 0.13723054 0.34805457
#> [709] 0.40351965 0.09405889 0.18640516 0.16550318 0.12941643 0.17081933
#> [715] 0.21716134 0.31355314 0.25819344 0.05647431 0.15742454 0.10167270
#> [721] 0.44358058 0.09605734 0.19507795 0.22099151 0.39744923 0.09961922
#> [727] 0.21037641 0.24847538 0.19284217 0.11417786 0.05900216 0.08229874
#> [733] 0.04626959 0.08993225 0.10849852 0.02889433 0.22286900 0.14642547
#> [739] 0.52186003 0.34457731 0.26226799 0.29836651 0.45000988 0.10733675
#> [745] 0.09611886 0.22424825 0.12363118 0.49776900 0.13212010 0.12671692
#> [751] 0.03243758 0.08329472 0.44860288 0.09698337 0.01950023 0.37406331
#> [757] 0.14864049 0.38032760 0.53789063 0.22041809 0.10177655 0.21963677
#> [763] 0.11268974 0.15279272 0.44098899 0.21228788 0.13883821 0.24294925
#> [769] 0.26731290 0.16830298 0.07345218 0.51557144 0.07803338 0.09656264
#> [775] 0.10040908 0.03715565 0.13546183 0.18465177 0.19263149 0.32485968
#> [781] 0.20807117 0.07544393 0.06791571 0.20913231 0.32952555 0.56728790
#> [787] 0.27525942 0.22071549 0.29883564 0.30487994 0.18795730 0.36311515
#> [793] 0.29300226 0.07160273 0.12867505 0.15130865 0.28914020 0.49776032
#> [799] 0.23137191 0.31455617 0.24546170 0.22223180 0.28644755 0.35512891
#> [805] 0.24518191 0.26010303 0.29165728 0.21583877 0.11737088 0.19296101
#> [811] 0.32361687 0.12533737 0.42264415 0.26962274 0.19258665 0.07902935
#> [817] 0.50658733 0.09531035 0.12471989 0.16534553 0.21333809 0.19824551
#> [823] 0.32131631 0.21110132 0.45397099 0.17040715 0.11082232 0.39740554
#> [829] 0.11784766 0.21048415 0.23815511 0.21627352 0.22230786 0.19496773
#> [835] 0.09234444 0.25397670 0.14515013 0.22547279 0.36915724 0.13959526
#> [841] 0.11825508 0.31733642 0.18541356 0.63303750 0.70584781 0.12120239
#> [847] 0.18511423 0.26184193 0.25421497 0.16656696 0.16257396 0.12880906
#> [853] 0.08000546 0.47265867 0.12890452 0.11895614 0.11635615 0.30663777
#> [859] 0.18440747 0.46793364 0.24404690 0.33633906 0.22284799 0.09914830
#> [865] 0.42430117 0.17279115 0.11379425 0.12299929 0.34294395 0.31395045
#> [871] 0.08584262 0.12761247 0.12853748 0.30833687 0.05384830 0.18217656
#> [877] 0.31348283 0.14740224 0.15121549 0.09766127 0.40497297 0.15681058
#> [883] 0.09296469 0.19755405 0.36922182 0.29169185 0.26016053 0.10019692
#> [889] 0.10235989 0.44997188 0.19878320 0.11053996 0.25542313 0.22243698
#> [895] 0.30689126 0.35585926 0.13733446 0.12634331 0.13735139 0.36504658
#> [901] 0.19609107 0.20201499 0.11009225 0.25628012 0.18267886 0.18135775
#> [907] 0.13959232 0.21037845 0.14173742 0.33859378 0.14155402 0.17409396
#> [913] 0.21180985 0.27547283 0.32880058 0.19306976 0.22451530 0.10856020
#> [919] 0.31392762 0.17080020 0.15454443 0.51375106 0.17969547 0.43599815
#> [925] 0.58459563 0.57449212 0.45263429 0.06282968 0.18349232 0.18815497
#> [931] 0.17800245 0.36389661 0.20601421 0.13080416 0.27865734 0.47193796
#> [937] 0.31026898 0.12187590 0.10552073 0.21982337 0.18594470 0.08081865
#> [943] 0.05156206 0.23035887 0.37224798 0.29190857 0.21447298 0.07689465
#> [949] 0.34640730 0.08604439 0.19212265 0.35205071 0.20725529 0.18700593
#> [955] 0.23224856 0.03853262 0.36163301 0.18903977 0.09796734 0.39490662
#> [961] 0.06737091 0.16060962 0.35425735 0.08855987 0.04537517 0.09533386
#> [967] 0.12205576 0.26038541 0.10214401 0.20821442 0.12862762 0.28447119
#> [973] 0.14392392 0.56988891 0.16724492 0.23197569 0.06071524 0.39157353
#> [979] 0.46813951 0.38923059 0.56211734 0.39904709 0.39898901 0.13149482
#> [985] 0.04647151 0.12620639 0.24298140 0.36656467 0.38892737 0.27262348
#> [991] 0.64769578 0.25335730 0.25600037 0.25711690 0.26879095 0.53386659
#> [997] 0.17217344 0.55571301 0.12213239 0.11895501